DendroPy

এই ধরনের গাছ এবং চরিত্র ম্যাট্রিক্স হিসাবে ফাইলোজেনেটিক তথ্য সঙ্গে কাজ করার জন্য ক্লাস এবং ফাংশন প্রদান করে.
এটি যেমন নেক্সাস, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, ইত্যাদি হিসাবে স্ট্যান্ডার্ড ফাইলোজেনেটিক ডাটা বিন্যাস, একটি সীমার মধ্যে পড়া এবং তথ্য লেখা সমর্থন ..
উপরন্তু, কিছু দরকারী ফাইলোজেনেটিক কম্পিউটেশন সঞ্চালনের জন্য স্ক্রিপ্ট ফাইলোজেনেটিক গাছ একটি অবর নমুনা দেওয়া splits বা clades জন্য সমর্থন সংক্ষিপ্ত বিবরণ যা যেমন SumTrees হিসাবে লাইব্রেরি, এর অংশ হিসেবে বিতরণ করা হয়.
ডাউনলোড প্যাকেজের মধ্যে ডকুমেন্টেশন এবং টিউটোরিয়াল ফাইল আছে বাড়ানো হয়

এই রিলিজে নতুন কি:. মেটাডাটা জন্য

• নতুন অবকাঠামো টীকা:. AnnotationSet ও টীকা করুন

<লি> NeXML 0.9 মেটাডাটা পার্সিং ও লেখার সম্পূর্ণ সমর্থন.

<লি> get_from_url () এবং read_from_url () পদ্ধতি এখন URL এর থেকে ফাইলোজেনেটিক তথ্য পড়ার জন্য অনুমতি দেয়.

<লি> যোগ GBIF আন্তঃক্রিয়া মডিউল (the & quot; dendropy.interop.gbif করুন & quot;) .


সংস্করণ 3.12.2 নতুন আপনি কি:

• মেটাডাটা টীকা জন্য নতুন অবকাঠামো: AnnotationSet ও টীকা.
  
  <লি> NeXML 0.9 মেটাডাটা পার্সিং ও লেখার সম্পূর্ণ সমর্থন.
  
  <লি> get_from_url () এবং read_from_url () পদ্ধতি এখন URL এর থেকে ফাইলোজেনেটিক তথ্য পড়ার জন্য অনুমতি দেয়.
  
  <লি> যোগ GBIF আন্তঃক্রিয়া মডিউল (the & quot; dendropy.interop.gbif করুন & quot;)
.


আপনি কি সংস্করণ 3.11.0 নতুন:

• জুড়ে থেকে শাখা লেবেলের সংযুক্তকরণের জন্য নতুন আবেদন স্ক্রিপ্ট একাধিক ইনপুট গাছ:. sumlabels.py করুন

<লি> নতুন আন্তঃক্রিয়া বর্গ dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. েসক-জেনারেল জন্য আলোয়ান লাইব্রেরি মধ্যে একত্রিত করুন
<লি> নতুন আন্তঃক্রিয়া ফাংশন dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. পেশী প্রান্তিককরণ জন্য আলোয়ান করুন
<লি> নতুন আন্তঃক্রিয়া বর্গ dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. RAxML জন্য আলোয়ান করুন
<লি> prune_taxa () মেথড CharacterMatrix যোগ.

<লি> গণিত মডিউল তাদের নিজস্ব সাবপ্যাকেজ সরানো:. Dendropy.mathlib করুন
<লি> ম্যাট্রিক্স এবং ভেক্টর কম্পিউটেশন জন্য নতুন মডিউল:. Dendropy.mathlib.linearalg করুন
<লি> পরিসংখ্যান দূরত্ব হিসাব জন্য নতুন মডিউল:. Dendropy.mathlib.distance করুন
<লি> মহলানবিশ দূরত্ব হিসাব dendropy.mathlib.distance ইন ফাংশান পরিবার:. Squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, মহলানবিশ, mahalanobis_1d করুন


আপনি কি সংস্করণ 3.9.0 মধ্যে নতুন:

• নতুন বৈশিষ্ট্য:
  
  <লি> ফাইলোজেনেটিক স্বাধীন বৈপরীত্য (pic) বিশ্লেষণ এখন dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts ক্লাস ব্যবহার আউট বহন করা যাবে.
  
  সিমুলেশন <লি> সরলীকৃত অন্তর্ভুক্ত coalescent (প্রজাতির গাছ জিন বৃক্ষ).
  
  <লি> পরিবর্তনসমূহ:
  
  <লি> as_string খুঁজতে আর্গুমেন্ট (), write_to_path (), write_to_file, ইত্যাদি পদ্ধতি নেক্সাস এবং Newick ফরম্যাটের জন্য আরও বেশি সঙ্গতিপূর্ণ পরিণত হয়েছে tweaked. পূর্ববর্তী মূলশব্দ এখনও সমর্থিত, কিন্তু থামিয়ে দেওয়া হবে. সুত্র: সমর্থিত শব্দ আর্গুমেন্ট নতুন সেটে দেখা যাবে নেক্সাস এবং Newick লেখা স্বনির্ধারণ & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; অধ্যায়.
  
  <লি> নেক্সাস এবং Newick এখন taxon লেবেল-অসংবেদনশীল ক্ষেত্রে ডিফল্ট বিন্যাস; কেস-সংবেদনশীলতা জন্য মিথ্যা case_insensitive_taxon_labels = উল্লেখ করুন.
  
  <লি> বাগ সংশোধন করা হয়েছে:
  
  <লি> দর্শন অন্তর্বর্তীবিরতি অক্ষরে পঠন এড়ানো (নেক্সাস) হচ্ছে নিম্নলিখিত ব্লক আর ফলাফল ম্যাট্রিক্স.
  
  <লি> সংক্ষিপ্ত পরিসংখ্যান হিসাবী যখন OverflowError ধরা.
  
  

আপনি কি সংস্করণ 3.8.0 মধ্যে নতুন:

• বৃক্ষ বস্তু এখন মিডপয়েন্ট rerooted যাবে (দেখুন Tree.reroot_at_midpoint ()).
  
  <লি> টীকা (অর্থাত্, ছিল & quot যে বৃক্ষ, নোড বা এজ বস্তুর বৈশিষ্ট্যাবলী; টীকা () & quot; তাদের প্রতি আহ্বান) এখন মেটাডাটা মন্তব্য হিসেবে লেখা যেতে পারে (& quot; [ফিল্ড = মান] & quot;) লেখার সময় নেক্সাস শব্দ যুক্তি annotations_as_comments ব্যবহৃত হয় তাহলে / Newick বিন্যাস.
  
  <লি> নেক্সাস যখন পড়া / Newick বিন্যাস গাছ, মেটাডাটা মন্তব্য স্থাপিত হবে = সত্য extract_comment_metadata উল্লেখ কী ​​ক্ষেত্রের মান হচ্ছে fieldnames এবং মান হচ্ছে, অভিধান মধ্যে টানা হচ্ছে.
  
  নেক্সাস বিন্যাসে তথ্য পড়ার সময় <লি>, ব্লক প্রক্রিয়া, এবং অক্ষর সেট প্রাসঙ্গিক CharacterDataMatrix মধ্যে পার্স করা হবে নির্ধারণ করা হবে.
  
  <লি> ক্যারেক্টার সেট: নতুন CharacterDataMatrix বস্তু হিসাবে এক্সপোর্ট করা যাবে, এবং ইত্যাদি / / সংরক্ষিত কাজে ব্যবহৃত হতে (উদাহরণস্বরূপ, নেক্সাস আউট পার্স ব্লক সেট, যেমন উপরে দেখুন). independentally.
  
  <লি> নেক্সাস বা Newick বিন্যাসে লেখার সময় write_item_comments শব্দ যুক্তি (সত্য বা মিথ্যা) গাছ নোড যুক্ত বাড়ানো মন্তব্য লেখা বা না হবে কিনা তা নিয়ন্ত্রণ করতে পারেন.
  
  <লি> TopologyCounter বর্গ dendropy.treesum যোগ:. টোপোলজি ফ্রিকোয়েন্সি ট্র্যাকিং জন্য করতে পারবেন
  
  <লি> treesplits.tree_from_splits () টুকরা একটি সেট থেকে (টোপোলজি-শুধুমাত্র) গাছ এর গঠন করতে পারবেন.
  
  <লি> 'dendropy.treemanip' ব্যবহার করা হয় যে অধিকাংশ কার্যকারিতা এখন dendropy.Tree ক্লাসের তোলে পদ্ধতি হিসেবে মাইগ্রেট করা হয়েছে. 'Dendropy.treemanip' অবচিত করা হবে না.
  
  <লি> গাছ এখন ছেঁটে অপসারণ বা (পূর্বে, পদ্ধতি শুধুমাত্র Taxon বস্তুর তালিকা গ্রহণ করবে) রাখা taxa লেবেলের তালিকা উপর ভিত্তি করে করা যেতে পারে.
  
  

আপনি কি সংস্করণ 3.7.1 মধ্যে নতুন:

• নতুন বৈশিষ্ট্য:
  
  <লি> 'সাধারণ স্যাম্পলিং পদ্ধতি' বাস্তবায়ন (Hartman এট 2010:... বিবর্তনীয় মডেলের আদর্শ থেকে গাছ; Syst বাইওল 49, 465-476). জন্ম-মৃত্যু মডেল থেকে গাছ simulating পদ্ধতি
  
  <লি> পরিবর্তনসমূহ:
  
  কিছু সম্ভাবনা ফাংশন জন্য <লি> সঠিক / সামঞ্জস্যপূর্ণ নাম.
  
  <লি> বাগ সংশোধন করা হয়েছে:
  
  <লি> SumTrees '-e' / ব্যবহার করার সময় আউটপুট ফাইলের মুছে সত্যায়ন মধ্যে বাগ '- স্প্লিট-প্রান্ত'. বিকল্প
  
  'Taxa_block' থেকে <লি> প্রাচীন ও কাঁচাপাকা আধা জীবাশ্ম রেফারেন্স 'taxon_set' সংশোধন.
  
  

সংস্করণ 3.7.0 নতুন আপনি কি:.

• বিএসডি-শৈলী লাইসেন্স মাইগ্রেট করুন



সংস্করণ 3.6.1 নতুন কি:

• অধীনে SumTrees এখন (সিরিয়াল মোড) কাজ করে পুরোনো পাইথন সংস্করণ (অর্থাৎ & # x3c; 2.6).
  
  <লি> পাইথন 2.4.x সাথে সামঞ্জস্যের জন্য সংশোধন করা হয়েছে.
  
  

সংস্করণ 3.5.0 নতুন আপনি কি:

• যোগ ladderize () মেথড, নোড অর্ডার আরোহী (ডিফল্ট) বা ইমেল (ladderize (ডান = সত্য)) অর্ডার.
  
  <লি> যোগ করুন & quot; জন্তু-সারসংক্ষেপ-বৃক্ষ করুন & quot; স্কিমা স্পেসিফিকেশন জন্তু সটীক ঐক্যমত্য গাছ প্রক্রিয়া.
  
  <লি> NCBI ডাটাবেস সাথে আলাপচারিতার জন্য নতুন মডিউল যোগ করা হয়েছে:. Dendropy.interop.ncbi করুন



সংস্করণ 3.4 নতুন আপনি কি:..

• Bundled ez_setup.py সর্বশেষ সংস্করণে আপডেট করা



আবশ্যক :

• পাইথন 2.4 3.0
  
  
20 Jul 15 মধ্যে শিক্ষাগত ও বিজ্ঞান সরঞ্জাম স্ক্রিপ্ট