মারভিন প্রকল্প, অঙ্কন প্রদর্শন এবং রাসায়নিক কাঠামো, উপকাঠামো এবং প্রতিক্রিয়া বৈশিষ্ট্য জন্য জাভা সরঞ্জামের একটি সংগ্রহ প্রস্তাব.
মারভিন সহজেই আপনার ডেস্কটপ ইনস্টল এবং অঙ্গীভূতভাবে তার অ্যাপ্লিকেশন প্রোগ্রামিং ইন্টারফেস (এপিআই) মাধ্যমে ওয়েব পেজ এবং তৃতীয় পক্ষের অ্যাপ্লিকেশনের মধ্যে একত্রিত করা যেতে পারে.
মারভিন পরিবার নিম্নলিখিত সরঞ্জাম রয়েছে:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter
অ্যাপলেট বা মটরশুটি?
মারভিন ব্যবহারের উপর নির্ভর করে দুটি প্যাকেজের মধ্যে উপলব্ধ রয়েছে:
* ওয়েব ডেভেলপার জন্য মারভিন অ্যাপলেট
* রসায়নবিদ এর ডেস্কটপ এবং সফ্টওয়্যার ডেভেলপার জন্য মারভিন বীন.
মারভিন অ্যাপলেট অধিকাংশ ব্রাউজার (ইন্টারনেট এক্সপ্লোরার, ফায়ারফক্স, সাফারি, অপেরা, ইত্যাদি) তারা জাভাস্ক্রিপ্ট থেকে / এক্সেস প্রদান এবং অ্যাপলেট পরামিতি দ্বারা স্বনির্ধারিত সঙ্গে সামঞ্জস্যপূর্ণ হয়, যা রাসায়নিক ওয়েব পেজ নির্মাণের জন্য সরঞ্জাম, হয়.
মারভিন বীন কোন জাভা অ্যাপ্লিকেশন মধ্যে মারভিন ক্ষমতা একীভূত জন্য সহজে ইনস্টলযোগ্য ডেস্কটপের জন্য অ্যাপ্লিকেশন এবং সরঞ্জাম
এই রিলিজে নতুন কি:.
<উল >
MarvinSketch: Chemicalize.org মধ্যে
পাবলিক ডাটাবেস অনুসন্ধান করুন. সম্ভাবনা MarvinSketch মধ্যে লিগ্যান্ড ক্রম পরিবর্তন করতে. কুয়াশা প্রভাব বিভিন্ন উপায়ে নিয়ন্ত্রিত হতে পারে: স্বয়ংক্রিয় কুয়াশা প্রভাব সুইচ বন্ধ কুয়াশা প্রভাব শক্তি এবং একটি চেকবক্স সেট স্কেচ / দেখুন গ্রাফিক্যাল ইউজার ইন্টারফেস পছন্দ ডায়লগ প্রদর্শন ট্যাবে একটি স্লাইডার আছে. অ্যাপলেট এবং মটরশুটি পরামিতি চালু হয়: fogFactor, automaticFogEnabled. (ফোরাম বিষয়). গ্রুপ সংযুক্তি বিন্দু সংযুক্ত স্বয়ংক্রিয়ভাবে আর Sgroup পৃথক করো না. এস-গ্রুপ কন্টেন্ট নির্ধারণ:. একাধিক এবং জেনেরিক, S-গ্রুপ বন্ধনী উত্তরণ বন্ড মধ্যে পুরো উপগ্রাফকে ধারণ করা আছে এস-গ্রুপ কন্টেন্ট আপডেট বন্ধনী অবস্থানের পরিবর্তন যদি বন্ধনী বা কাঠামো হয় সরানো হয় .
এস-গ্রুপ এম্বেড এবং আবৃত অণু ঐক্য চেক চেক করা হয়. আমদানি smarts
ডবল বন্ড (ফোরাম বিষয়) সঙ্গে বাহিত কার্বন সমর্থন করে. ইম্পোর্ট / এক্সপোর্ট allenes সমর্থন হাসি. (; সরকারকে hydrobromide, & quot; যেমন, & quot)
বড় যৌগ ভিতরে টুকরা জন্য প্রথাগত নাম নির্মাণ করা হয়. সি এ এস নম্বর রূপান্তর জন্য সমর্থন. DocumentExtractor (অনুপস্থিত কমা, misrecognized বন্ধনী টাইপ, অতিরিক্ত স্পেস, ...) মধ্যে উন্নত, OCR ত্রুটি সংশোধন. পিডিএফ নথি ডকুমেন্ট নিষ্কর্ষক এখন হিট পৃষ্ঠা সংখ্যা দেয়. গঠন-নাম-করা ও নাম-থেকে-কাঠামো সাধারণ নাম জন্য উন্নত সমর্থন. নাম আমদানির জন্য সাধারণ সমর্থন সাধারণ জন্য প্রায় 5% এবং পদ্ধতিগত নাম জন্য 10% বৃদ্ধি পেয়েছে. রূপান্তর গতি প্রায় 20% বৃদ্ধি করা হয়. উইন্ডোজের জন্য
JChem এবং Marvin বীন ইনস্টলারের এছাড়াও cygwin জন্য শেল স্ক্রিপ্ট নিষ্কাশন. Bemis-Murcko অবকাঠামো মধ্যে exocycyclic গ্রুপ সংরক্ষণ. হ্যালোজেন শুমার সময় একাধিক সংযোগ থাকতে পারে. সুগন্ধি বন্ড সমসংস্থা সম্পত্তি পরীক্ষণের জন্য ডবল বন্ড সংখ্যা হিসাবী সময় বলে মনে করা হয়. Lasso নির্বাচন মোড MSketchPane (ফোরাম বিষয়) ডিফল্ট সেট করা যেতে পারে. নতুন ফাংশন, isChiral TopologyAnalyzer যোগ করা হয়েছে. নতুন Chmical শর্তাবলী ফাংশন: isQuery (), fieldAsString () .
Bugfixes: একটি গ্রুপ তৈরি গ্রাফ পরিবর্তিত পরিবর্তন গণনা (ফোরাম বিষয়) বৃদ্ধি না, কারণ
নাম বাক্সে গ্রুপ নির্মাণের পরে আপডেট করা হয় না. MarvinSketch আবেদন বুঝতে, & quot না; - {নাম}, & quot; কমান্ড লাইন প্যারামিটার. যখন গঠন করুন & gt; অনলাইন মেনু গঠন খুঁজুন লিনাক্স অধীনে প্রার্থনা ছিল, ডিফল্ট ব্রাউজার ফলাফল (ফোরাম বিষয়) প্রদর্শন সনাক্ত করা যায়নি. তার uncompressed সংস্করণ ক্যাশে সংরক্ষণ করা হয়ে থাকে, তাহলে
জাভা ক্যাশে থেকে isotopes.data ফাইল লোড করতে ব্যর্থ (অর্থাৎ uncompression ওয়েবসার্ভার দ্বারা স্বয়ংক্রিয়ভাবে সম্পন্ন করা, এবং না মারভিন দ্বারা) ছিল. ফোরাম বিষয়, ডকুমেন্টেশন. গ্রাফিকাল বস্তু জ্যামিতি প্লাগইন ফলাফল উইন্ডোতে প্রদর্শন করা হয়. ইলেক্ট্রন প্রবাহ তীর
, হাইলাইট জন্য নীল বাক্সে (ফোরাম বিষয়) মিস ছিল. সংজ্ঞা মুছে ফেলা হয়েছে কিনা লিগ্যান্ড যাতে ভারা উপর প্রদর্শিত না হয়, এমনকি যদি, & quot; সর্বদা, & quot; প্রদর্শন বিকল্প & quot জন্য সেট করা হয়; লিগ্যান্ড আদেশ, & quot; পছন্দ নির্দেশক ডায়ালগ থেকে উপর. multicenter পরমাণুর সূচক এটি একটি আর গ্রুপ এর সাথে সংযুক্ত করা হলে MDL একটি Mol বিন্যাসে এক্সপোর্ট পর দূষিত হয়ে ওঠে. তীর MRV ইম্পোর্ট / এক্সপোর্ট (ফোরাম বিষয়) সময় ক্ষতিগ্রস্ত হয় আয়তক্ষেত্র আটকে. 1 অক্ষর পেপটাইড আমদানি একটি একক histidine (ফোরাম বিষয়) এ ব্যর্থ হয়েছে. অন্তর্নিহিত hydrogens skc থেকে আমদানি করে অনুপস্থিত ছিল. MolAtom নাল মান সম্পত্তি রপ্তানি ছিল না / MRV বিন্যাসে আমদানি করা. নির্দিষ্ট SMARTS আমদানি করে
, ভুল বন্ড টাইপ পরিবর্তে একক বা সুগন্ধি বন্ড নির্ধারিত ছিল. ChemDraw টানা CDX ফাইল থেকে আমদানি
কিছু কিছু বন্ধনী ভুল দিক প্রদর্শন করা হয়. .
রপ্তানি smarts: একটি সুগন্ধি রিং 1-পরমাণু একক বন্ড প্রতিবেশী পরিবর্তে একক / সুগন্ধি একক বন্ড হিসাবে এক্সপোর্ট করা হয়
SMARTS বিন্যাসে লিঙ্ক নোড এবং আর দলের সঙ্গে প্রশ্নের রফতানি ভুল ছিল. এইচ পরমাণু হ্যান্ডলিং SMARTS এক্সপ্রেশন ছিল অনির্ধারিত. একটি Mol ফাইল মন্তব্য ক্ষেত্র আমদানি ব্যর্থ হয়েছে. নির্দিষ্ট হাসি ইম্পোর্ট ভুল (ফোরাম বিষয়) ছিল. টেমপ্লেট একটি রিং (বা রিং সিস্টেম) এর একটি অংশ হিসেবে লক্ষ্য করা যেতে পারে অবস্থিত, যা একটি চেইন অংশ আমরা টেমপ্লেট যে অংশ উপেক্ষা করা উচিত রয়েছে. Clean3D ফাইন Hydrogenize সঙ্গে বিকল্প স্বয়ংক্রিয়ভাবে, S-গ্রুপ পৃথক করো না (ফোরাম বিষয়). Molecule.contractSgroups () অণু স্থানাঙ্ক (ফোরাম বিষয়). বিশৃঙ্খলার সৃষ্টি
স্পষ্ট hydrogens সঠিকভাবে Cis / ট্রান্স ঘন-রাসায়ন হিসাব বিবেচনায় নেয়া হয় না. Tautomer জেনারেটর কিছু কিছু ক্ষেত্রে ArrayIndexOutOfBoundsException ছুড়ে ফেলে. লাভা যে মুহূর্তে ঠাণ্ডা শুমার কিছু VMN ইনপুট জন্য অসঙ্গত অণু উত্পাদিত. ভুল চার্জ CovalentCounterion সালিস প্রয়োগের পরে গণনা. StructureChecker কমান্ড লাইন এর লগ আউটপুট ফরম্যাট উইজার্ড এর আউটপুট ফরম্যাট থেকে ভিন্ন. ChiralFlagErrorChecker সঠিকভাবে কিরালিটি হ্যান্ডেল করা হয়নি. পরিবর্তে সমতা তথ্য থেকে কিরালিটি হিসাবী, এটি TopologyAnalyser এর isChiral পদ্ধতির উপর ভিত্তি করে একটি বাস্তবায়ন ব্যবহৃত. ভুল ইলেকট্রনের প্রবাহ তীর সংস্করণ 5.4.0.1:
- Highlighting নতুন হয়েছিল কি যখন বেস বা শেষ বিন্দু একটি বন্ড (ফোরাম বিষয়) ছিল.
- ধারাবাহিকভাবে মেনু কনফিগারেশন কাজ করা হয়নি.
- multicenter পরমাণুর সূচক ভুল আর গ্রুপ multicenter পরমাণু (অবস্থান পরিবর্তন বন্ড) সংযুক্ত করা হয় যেখানে কাঠামো ক্ষেত্রে MDL MOLFile রপ্তানি সময় নির্মিত হয়েছিল.
- অন্তর্নিহিত hydrogens আইএসআইএস / Symyx স্কেচ ফাইল ফরম্যাট (SKC ফাইল ফরম্যাট) মধ্যে স্ট্রাকচার আমদানি বা পেস্ট পর পরমাণু থেকে অনুপস্থিত ছিল.
- ChemDraw পুরোনো সংস্করণ থেকে এক্সপোর্ট আবর্তিত গ্রাফিকাল বস্তু সহ CDX ফাইল ইম্পোর্ট করা যাবে না.
- Tautomer হিসাব করুন
- সাধারণ tautomer কিছু কিছু ক্ষেত্রে যথেষ্ট অনন্য ছিল না. ফিক্স কারণে, জেনেরিক tautomer সুগন্ধি ফর্ম প্রদান করা হয়.
- Canoncical tautomer হিসাব কারণে dearomatization এর ফিক্স উন্নত করা হয়েছে.
কীলক বন্ড সঙ্গে সংযুক্ত স্পষ্ট hydrogens সঙ্গে - কিছু কিছু কাঠামো জেনেরিক tautomerization সময় একটি ব্যতিক্রম দিয়েছেন.
- ভলিউম হিসাব cxcalc থেকে অনুপস্থিত ছিল.
- গঠন যাচাইকারী পরিবর্তে ভুল কনফিগারেশন ফাইল উপেক্ষা নালপয়েন্টারএক্সেপশন ছুড়ে ফেলে.
সংস্করণ 5.1.03.2:
- IUPAC নাম আমদানি নতুন কি: কাঠামো IUPAC নাম রূপান্তর.
- , OLE 2 সমর্থন:. MarvinSketch মাইক্রোসফট অফিস নথি মধ্যে বস্তু পেস্ট উন্নত সমর্থন
- রাসায়নিক শর্তাবলী:. কমান্ড লাইন, এপিআই মধ্যে মারভিন থেকে পাওয়া যায় এবং (অ্যাপলেট) জাভা স্ক্রিপ্ট ব্যবহার করা যেতে পারে
- MarvinSketch এবং MarvinView আরম্ভের প্রারম্ভে, স্বতন্ত্র সংস্করণ হিসাবে উভয় ত্বরিত, এবং অন্যান্য অ্যাপ্লিকেশনের মধ্যে বাস্তবায়িত উপাদান হিসেবে.
আবশ্যক
- জাভা 2 স্ট্যান্ডার্ড সংস্করণ রানটাইম এনভায়রনমেন্ট
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না