বেসিক স্থানীয় সারিবদ্ধতা খোঁজো টুল সংক্ষিপ্ত বিস্ফোরণে উপলব্ধ ক্রম সব নির্বিশেষে প্রশ্ন প্রোটিন বা ডিএনএ কিনা উপাত্ত অন্বেষণ করার জন্য ডিজাইন করা আদল অনুসন্ধান প্রোগ্রাম একটি সেট.
এটা বিশ্বব্যাপী alignments উল্টোদিকে স্থানীয় আলোচনা করা হয়েছে, যা একটি অনুসন্ধানমূলক অ্যালগরিদম ব্যবহার করে, এবং সেইজন্য আদল শুধুমাত্র বিচ্ছিন্ন অঞ্চলে ভাগ করে যা ক্রম মধ্যে সম্পর্ক সনাক্ত করতে সক্ষম হয়.
এটি একটি সম্পূর্ণ এক্সিকিউটেবল হিসাবে স্থানীয়ভাবে ব্যবহার করা যাবে, এবং ব্যক্তিগত, স্থানীয় উপাত্ত বিরুদ্ধে প্রবল বাত্যা অনুসন্ধান চালানোর জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে, বা NCBI উপাত্ত কপি ডাউনলোড করা. এটি ম্যাক অপারেটিং সিস্টেম, Win32, Linux, সোলারিস, আইবিএম, AIX, এসজিআইয়ের, কমপ্যাক OSF, এবং HP- UX সিস্টেমে রান
এই রিলিজে নতুন কি:.
- উন্নতি:
- উন্নত ডকুমেন্টেশন, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762 এ উপলব্ধ সরলীকৃত সেটআপ নির্দেশমালা, অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে
- ব্লাস্ট উপাত্ত হার্ড-মাস্কিং জন্য সমর্থন যোগ করা হয়েছে.
- উন্নতি, ক্রম বৃহৎ সংখ্যক FASTA ইনপুট জন্য makeblastdb কর্মক্ষমতা উন্নত ত্রুটি পরীক্ষা.
- অনুমতি দিন শ্রেষ্ঠ হিট অপশন এবং Blast2Sequences মোড জন্য বিন্যাস এক্সএমএল
- psiblast জন্য একাধিক প্রশ্ন ক্রম অনুমতি দিন.
- -in_msa psiblast যুক্তি দিয়ে মাস্টার হিসাবে কোনো একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণ ক্রম স্পেসিফিকেশন অনুমতি দিন.
- makeblastdb একটি ঐচ্ছিক -input_type যুক্তি যুক্ত করুন.
- ট্যাবুলার আউটপুট প্রশ্নের সাথে এবং বিষয় দ্বারা জন্য সমর্থন যোগ করা হয়েছে.
- -seqidlist যুক্তি পারফরমেন্স উন্নত.
- বিবরণ এবং alignments সংখ্যা ন্যূনতম এখন ট্যাবুলার এবং XML আউটপুট (পুরোনো blastall অ্যাপ্লিকেশন ব্যবহার সঙ্গে সামঞ্জস্যপূর্ণ) জন্য ব্যবহৃত হয়.
- বাগ সংশোধন করা হয়েছে:
- Makeblastdb এবং পার্সিং সঙ্গে blastdbcmd সমস্যা, সংরক্ষণ, এবং ক্রম অভিন্ন পরিচয় উদ্ধার করা.
- ট্যাবুলার আউটপুট হারিয়ে যাওয়া বিষয় অভিন্ন পরিচয়.
- Blast_formatter উপেক্ষা -num_alignments এবং -num_descriptions
- বিস্ফোরণে আর্কাইভ বিন্যাস একাধিক প্রশ্নের জবাব দিয়ে ভুল সংরক্ষিত হতে পারে.
- Blast_formatter একটি অপ্রয়োজনীয় নেটওয়ার্ক সংযোগ স্থাপন করেন.
- Blast_formatter সঠিকভাবে তথ্য মাস্কিং সংরক্ষণ করবেন না.
- Rpstblastn বিপর্যস্ত হতে পারে যদি অনেক ক্রম অনুসন্ধান.
- সূচিবদ্ধ megablast মাল্টি থ্রেডেড মোডে করা যাবে না.
- psiblast দ্বারা সংরক্ষিত PSSM মধ্যে প্রশ্নের শিরোনাম সংরক্ষিত হচ্ছে না.
- একাধিক প্রশ্নের বা বড় ডাটাবেস ক্রম সঙ্গে মাল্টি থ্রেডেড মোডে চালানো সম্ভব ব্যর্থতা.
- Tblastn ম্যাচ মিস্ হতে পারে ডাটাবেস মাস্কিং সঙ্গে চালানো হয়.
- defline অতিরিক্ত স্পেস দিয়ে ক্রম ইনপুট জন্য ছেঁটে ফেলা আউটপুট
- MacOSX 10.5 উপর MacOSX বাইনারি সঙ্গে সমস্যা
সংস্করণ 2.2.24 নতুন কি:
- stand- এর পুন: অনুমতি ব্লাস্ট আর্কাইভ বিন্যাসে প্রবর্তন একা ব্লাস্ট blast_formatter সঙ্গে অনুসন্ধান করে.
- এটি প্রবল বাত্যা উপাত্ত অনুবাদ বিষয় নরম মাস্কিং জন্য সমর্থন যোগ করা হয়েছে.
- এটি প্রবল বাত্যা ট্রেস-ফিরে অপারেশন (btop) আউটপুট ফরম্যাট জন্য সমর্থন যোগ করা হয়েছে.
- এটি উপলব্ধ ব্লাস্ট উপাত্ত তালিকা জন্য blastdbcmd করার জন্য কমান্ড লাইন অপশন যোগ করা হয়েছে.
- দূরবর্তী ব্লাস্ট অনুসন্ধান বিন্যাস উন্নত কর্মক্ষমতা. মেমরি অবস্থার আউট জন্য একটি সামঞ্জস্যপূর্ণ প্রস্থান কোড ব্যবহার করে.
- একাধিক জায়গা পৃথক বিস্ফোরণে উপাত্ত সঙ্গে সূচীবদ্ধ megablast মধ্যে একটি বাগ জন্য একটি ফিক্স.
সংস্করণ 2.2.19 নতুন কি:
- BLASTDB এনভায়রনমেন্ট ভেরিয়েবল এখন সমর্থন একাধিক ডাটাবেস অনুসন্ধান পাথ . যখন সম্ভব, একটি ছোট প্রোটিন লুকআপ টেবিল পারফরম্যান্সের উন্নতি করতে ব্যবহার করা হয়.
- formatrpsdb এখন 2G চেয়ে উপাত্ত বড় তৈরি সমর্থন করে.
- seedtop এখন সিপাহী তালিকা অনুসন্ধান সমর্থন করে.
- blastn জন্য X3 মান / megablast সংশোধন করা হয়েছিল.
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না