. একটি MongoDB ডাটাবেস উপরে একটি বিমূর্ততা স্তর হিসেবে MetagenomeDB কৌশল অবলম্বন;
MetagenomeDB সহজেই & nbsp সংরক্ষণ এবং উদ্ধার metagenomic ক্রম টীকা করার জন্য ডিজাইন করা একটি পাইথন লাইব্রেরি. এটা বস্তু, যথা সিকোয়েন্স এবং সংগ্রহের দুই ধরনের তৈরি এবং পরিবর্তন এবং সংযুক্ত হওয়ার জন্য একটি API উপলব্ধ করা হয়:
& Nbsp; * ক্রম (সিকোয়েন্স বর্গ) হতে পারে সার্চ, contigs, PCR ক্লোনস, ইত্যাদি
& Nbsp; * (সংগ্রহ বর্গ) ক্রম সেট প্রতিনিধিত্ব করে স w; যেমন, একটি নমুনা সিকোয়েন্সিং ফলে সার্চ, contigs সার্চ একটি সেট, PCR লাইব্রেরি থেকে একত্র
কোন বস্তুর একটি অভিধান মত সিনট্যাক্স ব্যবহার সটীক করা যেতে পারে:
# প্রথম, আমরা লাইব্রেরি আমদানি
MDB হিসাবে আমদানি MetagenomeDB
# তারপর আমরা দুটি একটি নতুন ক্রম বস্তু তৈরি
# (বাধ্যতামূলক) বৈশিষ্ট্য, 'নাম' এবং 'ক্রম'
S = mdb.Sequence ({"নাম": "আমার ক্রম", "ক্রম": "atgc"})
# বস্তুর এখন সটীক করা যাবে
মুদ্রণ গুলি ["দৈর্ঘ্য"]
এর ["টাইপ"] = "পড়া"
# একবার পরিবর্তিত, বস্তু প্রতিশ্রুতিবদ্ধ হতে হবে
পরিবর্তন থাকা জন্য ডাটাবেস #
s.commit ()
টাইপ ক্রম বা স w গ্রহ থেকে অবজেক্টস বিভিন্ন metagenomic ডেটাসেট উপস্থাপন করার জন্য একে অপরের সাথে সংযুক্ত করা যেতে পারে. উদাহরণের মধ্যে আছে, কিন্তু সীমাবদ্ধ নয়:
& Nbsp; * একটি সিকোয়েন্সিং চালান ফলে সার্চ সংগ্রহ (একাধিক সিকোয়েন্স মধ্যে সম্পর্ক বস্তু এবং এক সংগ্রহ)
& Nbsp; * একটি সেট সমাবেশ ফলে contigs সেট সার্চ (দুই সংগ্রহ বস্তুর মধ্যে সম্পর্ক)
& Nbsp; * একটি contig অংশ সার্চ (একাধিক সিকোয়েন্স মধ্যে সম্পর্ক বস্তু এবং এক সিকোয়েন্স)
& Nbsp; * অন্য ক্রম যে অনুরূপ ক্রম (দুই সিকোয়েন্স মধ্যে সম্পর্ক বস্তু)
& Nbsp; (দুই সংগ্রহ বস্তুর মধ্যে সম্পর্ক) একটি বড় সংগ্রহের অংশ যে * সংগ্রহ
ফলে ডেডিকেটেড পদ্ধতি ব্যবহার করে অন্বেষণ করা যেতে পারে যা সিকোয়েন্স এবং সংগ্রহের একটি নেটওয়ার্ক; ieg, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). যারা পদ্ধতি প্রত্যেকটি এক MongoDB অনুসন্ধান সিনট্যাক্স ব্যবহার করে অত্যাধুনিক ফিল্টার করা সম্ভব:
# তালিকা টাইপ 'collection_of_reads' সব স w
# ক্রম এর 'অন্তর্গত
সংগ্রহের = s.list_collections ({"টাইপ": "collection_of_reads"})
# তালিকা এই সংগ্রহের অন্তর্গত সব ক্রম
অন্তত 50 বিপি যার দৈর্ঘ্য #
সংগ্রহে গ জন্য:
& Nbsp; মুদ্রণ c.list_sequences ({"দৈর্ঘ্য": {"$ জি.টি.": 50}})
MetagenomeDB এছাড়াও নিউক্লিওটাইড ক্রম আমদানি কমান্ড-লাইন টুল, প্রোটিন ক্রম, বিস্ফোরণ এবং FASTA প্রান্তিককরণ আলগোরিদিম আউটপুট, এবং ACE সমাবেশ ফাইল একটি সেট প্রদান করে. . অন্যান্য সরঞ্জাম যোগ করতে অথবা মুছে একাধিক বস্তু, বা তাদের টীকা প্রদান করা হয়
আবশ্যক
- পাইথন
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না