Jmol

Jmol হল একটি ওপেন সোর্স, ক্রস প্ল্যাটফর্ম এবং ফ্রি গ্র্যাফিক্যাল সফটওয়্যার যা মূলত 3D রাসায়নিক কাঠামোর জন্য আণবিক দর্শক হিসাবে কাজ করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। এটি চারটি স্বতন্ত্র মোডে একটি HTML5 ওয়েব অ্যাপ্লিকেশন, একটি জাভা প্রোগ্রাম, একটি জাভা অ্যাপলেট এবং একটি "হেডহোল্ড" সার্ভার-সাইড কম্পোনেন্ট হিসাবে চালায়।

মূল বৈশিষ্ট্যগুলিতে হাই-এক্সপোজার 3D রেন্ডারিং সাপোর্ট রয়েছে যেগুলি কোনও হাই-এন্ড হার্ডওয়্যার, JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ এবং পিওভি-রে বিন্যাসে এক্সপোর্ট করে, মৌলিক ইউনিট-সেল সমর্থন করে, রাশমোল এবং চেম্বারকে সমর্থন করে। স্ক্রিপ্টিং ভাষাগুলি, সেইসাথে জাভাস্ক্রিপ্ট লাইব্রেরি।

উপরন্তু, সফ্টওয়্যারটি অ্যানিমেশন, পৃষ্ঠতল, কম্পন, অরবিটাল, পরিমাপ, সমতা এবং ইউনিট সেল অপারেশন এবং পরিকল্পিত আকার সমর্থন করে।

বর্তমানে, অ্যাপ্লিকেশন একটি বিস্তৃত ফাইল ফরম্যাটের সমর্থন করে, যার মধ্যে আমরা MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, এমএমসিআইএফ, সিএমএল, পিডিবি, XYZ, XYZ + Vib, XYZ-FAH, MOL2, সিএসএফ, গেমস, গাউসিয়ান, এমএম 1 জিপি, হিন হিন / এইচআইভি, মোলপো এবং এমওপিএসি।

উপরন্তু, CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, অডিওডাটা, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR এবং JME এছাড়াও সমর্থিত ।

সমস্ত প্রধান ওয়েব ব্রাউজার সমর্থন করে

মোজিলা ফায়ারফক্স, গুগল ক্রোম, ইন্টারনেট এক্সপ্লোরার, অপেরা এবং সাফারি সহ সব প্রধান ওয়েব ব্রাউজারে সফ্টওয়্যারটি সফলভাবে পরীক্ষা করা হয়েছে। উপরে উল্লিখিত ব্রাউজার অ্যাপ্লিকেশনগুলি সমস্ত মূলধারার অপারেটিং সিস্টেমগুলিতে পরীক্ষিত হয়েছে (OSes সমর্থনের জন্য পরবর্তী বিভাগটি দেখুন)।

জাভা প্রোগ্রামিং ল্যাংগুয়েজে লেখা হচ্ছে, জ্যামোল একটি প্ল্যাটফর্ম-স্বাধীন অ্যাপ্লিকেশন যা সমস্ত জিএনইউ / লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশন, মাইক্রোসফট উইন্ডোজ এবং ম্যাক ওএস এক্স অপারেটিং সিস্টেম এবং অন্য যেকোনো অপারেটিং সিস্টেমে জাভা রানটাইম পরিবেশ ইনস্টল করা হয়েছে। / p>

নতুন কী রয়েছে :

• বাগ ফিক্স: Jmol SMILES সন্নিবেশ-কোড অনুসন্ধানের অনুমতি দেয় না - & quot; যোগ করুন & quot; ^ করুন & quot; সন্নিবেশ কোডের জন্য: [G # 129 ^ A। *]

নতুন কী রয়েছে :

• বাগ ফিক্স: Jmol SMILES সন্নিবেশ-কোড অনুসন্ধানের অনুমতি দেয় না - - & quot; ^ & quot; সন্নিবেশ কোডের জন্য: [G # 129 ^ A। *]

নতুন কি কি সংস্করণে 14.20.3:

• বাগ ফিক্স: Jmol SMILES সন্নিবেশ করার অনুমতি দেয় না- কোড অনুসন্ধান - & quot; ^ & quot; সন্নিবেশ কোডের জন্য: [G # 129 ^ A। *]

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.6.5:

• বাগ ফিক্স: Jmol SMILES সন্নিবেশ-কোড অনুসন্ধান করার অনুমতি দেয় না - & quot; ^ & quot; সন্নিবেশ কোডের জন্য: [G # 129 ^ A। *]

নতুন কি কি সংস্করণ 14.6.1:

• বাগ ফিক্স: Jmol SMILES সন্নিবেশ করার অনুমতি দেয় না- কোড অনুসন্ধান - & quot; ^ & quot; সন্নিবেশ কোডের জন্য: [G # 129 ^ A। *]

নতুন কি রয়েছে সংস্করণে 14.4.4 বিল্ড ২014.04.2২:

• বাগ ফিক্স: টীকা এন্টোম সেট যোগ হাইড্রোজেন
জন্য সমন্বয় না
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.4.4 বিল্ড 2016.04.14:

• বাগ ফিক্স: টীকা এন্টোম সেট যোগ হাইড্রোজেন
জন্য সমন্বয় না
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.4.4 বিল্ড 2016.03.31:

• বাগ ফিক্স: টীকা এন্টোম সেট যোগ হাইড্রোজেন
জন্য সমন্বয় না
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া



নতুন কি আছে সংস্করণে 14.4.3 বিল্ড 2016.03.02:

• বাগ ফিক্স: যোগ করা এটম যোগ করা হাইড্রোজেনগুলির জন্য সামঞ্জস্যপূর্ণ নয়
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.4.3 বিল্ড 2016.02.28:

• বাগ ফিক্স: টীকা এন্টোম সেট যোগ হাইড্রোজেন
জন্য সমন্বয় না
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.4.2 বিল্ড ২010.0২.05:

• বাগ ফিক্স: এন্টোটেশন এটম সেট যোগ হাইড্রোজেন
জন্য সমন্বয় না
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.4.0 বিল্ড 2015.12.02:

• বাগ ফিক্স: টীকা এন্টোম সেট যোগ হাইড্রোজেন
জন্য সমন্বয় না
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.2.15:

• বাগ ফিক্স: যোগ করা এটম যোগ করা হাইড্রোজেনগুলির জন্য সামঞ্জস্য করে না
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.2.13:

• বাগ ফিক্স: যোগ করা এটোমটি যোগ করার জন্য সেট করা হয় না hydrogens করুন
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া

নতুন কি কি সংস্করণ 14.2.1২:

• বাগ ফিক্স: যোগ করা এটোমটি যোগ করার জন্য সেট করা নেই hydrogens করুন
• বাগ ফিক্স: 14.3.3_2014.08.0২ এমএমআইএফএইএফ রিডারটি ভেঙ্গেছে
• বাগ ফিক্স: বাইনারি ডকুমেন্ট (স্পার্টান ফাইল) 14.1.1২_2014.03.18 ভাঙা পড়া

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.1.8 বিটা:

• নতুন বৈশিষ্ট্য - সেট কার্টুন রিবোস:
• রিবোজ রিংগুলিতে আঁকা, পুকুরের প্রদর্শনীগুলি
• C4'-C5'-O5'-P- এর স্পষ্টভাবে
দ্বারা সংযোগ করে
• রেফারেন্সের জন্য C3'-O3 দেখায়।
• কার্টুনবেসেডিজেস (লেওন্টিস-ওয়েস্টহফ এডেসস) অক্ষম করে
• SET কার্টুনব্যাশ এঞ্জেঞ্জস অক্ষম
• রিক স্পিনি, ওহিও স্টেট কর্তৃক প্রস্তাবিত
• নতুন বৈশিষ্ট্য: অ্যানিম্রোম ফ্রেম [এ, বি, সি, ডি] রেঞ্জগুলি নির্দেশ করতে নেতিবাচক সংখ্যার সাথে কাজ করে:
• অ্যানিম ফ্রেম [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6] করুন
• & quot; 1 থেকে 5 এবং তারপর 10 থেকে 6 & quot;
হিসাবে পড়ুন
• নতুন বৈশিষ্ট্য: টিঙ্কার ফাইল রিডার (এবং FoldingXYZ পাঠক আপগ্রেড):
• টিঙ্কার ব্যবহার করতে পারেন :: কিন্তু যদি প্রথম লাইনটি কেবল একটি পরমাণুর সংখ্যা
তবে এটি কেবলমাত্র প্রয়োজনীয়
• পরমাণুর সংখ্যা
এর জন্য পুরোনো টিঙ্কার বিন্যাস N-1 পরমাণুর সাথে মিলে যায়
• ট্রাজেক্টোরিটি এবং পছন্দসই মডেল নম্বর
এর জন্য অনুমতি দেয়
• নতুন বৈশিষ্ট্য: (আসলে 13.1 কিন্তু অনথিভুক্ত) অ্যানিমেশন ফ্রেম [51 50 49 48 47 46 45 (ইত্যাদি) 27 1 2 3 4 5 6 7 (ইত্যাদি) ....]
• নতুন বৈশিষ্ট্য: এক্স = তুলনা করুন ({atomset1}, {atomset2}, & quot; এমএপি & quot;)
• নতুন বৈশিষ্ট্য: x = তুলনা ({atomset1}, {atomset2}, & quot; এমএপি & quot ;, & quot; সব & quot;)
• নতুন বৈশিষ্ট্য: x = তুলনা ({atomset1}, {atomset2}, & quot; এমএপি & quot ;, & quot; সেরা & quot;)
• নতুন বৈশিষ্ট্য: x = তুলনা ({atomset1}, {atomset2}, & quot; এমএপি & quot ;, & quot; এইচ & quot;)
• নতুন বৈশিষ্ট্য: এক্স = তুলনা ({atomset1}, {atomset2}, & quot; এমএপি & quot ;, & quot; allH & quot;)
• নতুন বৈশিষ্ট্য - x = তুলনা ({atomset1}, {atomset2}, & quot; এমএপি & quot ;, & quot; besth & quot;):
• অ-সুগন্ধযুক্ত স্মাইলিসের উপর ভিত্তি করে এক বা একাধিক সম্পর্ক তালিকা তৈরি করে
• ঐচ্ছিকরূপে এইচ পরমাণু অন্তর্ভুক্ত
• বিকল্প সম্ভাব্য পরমাণুর ম্যাপিংগুলি তৈরি করে
• পুরের [] [] = [[a1 b1], [a2b2], [a3 b3], ...]
• যেখানে একটি এবং bn হয় পূর্ণসংখ্যা পরমাণু সূচক বা তালিকা যখন & quot; সব & quot; বিকল্প চয়ন করা হয়।
• নিম্নোক্ত হাইড্রোজেন পরমাণু সহ দুটি কাঠামোর জন্য একটি পরমাণুর সম্পর্কের মানচিত্র উৎপন্ন করবে: ফাইল লোড করুন & quot; a.mol & quot; করুন & quot; b.mol করুন & quot; এক্স = তুলনা ({1.1} {2.1} & quot; এমএপি & quot; & quot; এইচ & quot;)
• নীচের NCF থেকে ক্যাবিনের মডেলটি PubChem- এর থেকে তুলনা করে:
• $ ক্যাফিন লোড; লোড অ্যাণ্ডেন্ড: ক্যাফিন; ফ্রেম *
• 2.1 নির্বাচন করুন; লেবেল% [atomIndex]
• তুলনা {1.1} {2.1} স্মাইল অনুবাদ ঘুরান
• এক্স = তুলনা ({1.1}, {2.1}, & quot; এমএপি & quot; & quot; সেরা এইচ & quot;)
• জন্য (একটি x) {a1 = একটি [1]; a2 = একটি [2]; atomindex = a1 নির্বাচন করুন লেবেল @ a2}
• নতুন বৈশিষ্ট্য: তুলনা করুন {মডেল 1} {মডেল ২} স্মাইল:
• স্মিথ দেওয়ার দরকার নেই; Jmol এটি {model1} থেকে তৈরি করতে পারে
• নতুন বৈশিষ্ট্য: x = {*}। (& quot; স্মাইলস & quot ;, & quot; H & quot;) খুঁজুন:
• স্পষ্ট এইচ পরমাণুর সাথে SMILES তৈরি করে
• বাগ ফিক্স: SMARTS এর পরিবর্তে SMILES ব্যবহার করে ফরম্যাট () ফাংশন, তাই শুধুমাত্র সম্পূর্ণ কাঠামো;
• বাগ ফিক্স: স্মার্টআই ফাঁদ এবং SMILES- সম্পর্কিত পদ্ধতিতে বার্তাগুলি
• বাগ ফিক্স: Jmol.jar এবং jsmol.zip এর পাথকে webexport আবিষ্কারের পাথ আরও শক্তিশালী করুন।
• বাগ সংশোধন: GetProperty extract মোডেল উপসেট সম্মানিত না
• বাগ ফিক্স: সেট করুন পিডিবি গেট হেডার TRUE রক্ষিত নেই REMARK3 REMARK290 REMARK350
• বাগ ফিক্স: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....) {value: ...}
• বাগ ফিক্স: 11.x ভেঙ্গে ফেলা MO স্থায়ী প্রতিচ্ছায়া
• বাগ ফিক্স: মেনুটি সর্বদা 12.2
ভাঙা মেনু লোড মেনু লিখুন
• বাগ ফিক্স: {*} [n] nAtoms
এ খালি থাকা উচিত

নতুন কি কি সংস্করণে 14.0.7:

• বাগ সংশোধন: 14.0.6 ক্ষতিকারকভাবে bugged - ইউনিটসেল এবং ইকো রেন্ডারিং, GetProperty

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.0.5:

• বাগ ফিক্স: এলসিআকোটিন ট্রান্সলোসিটেন ভাঙা
• বাগ ফিক্স: অপ্রচলিত টর্চ ভাঙা
• বাগ ফিক্স: pqr, p2n পাঠকদের ভাঙা
• বাগ ফিক্স: আইসোসার্ফফেস মানচিত্রের সম্পত্তি xxx ব্যর্থ হতে পারে যদি পৃষ্ঠটি একটি টুকরা হয় (একরকমভাবে) একটি অন্তর্নিহিত পরমাণুর সাথে যুক্ত নয় এমন একটি পয়েন্ট।

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.1.5 বিটা:

• বাগ ফিক্স: এলসিএওকার্টন ট্রান্সলোসিটেন ভাঙা
• বাগ ফিক্স: অপ্রয়োজনীয় ব্যাকবোন ভাঙা
• বাগ ফিক্স: pqr, p2n পাঠক ভাঙা
• বাগ ফিক্স: পৃষ্ঠভূমি একটি টুকরা যেহেতু (একরকম) একটি অন্তর্নিহিত পরমাণুর সাথে যুক্ত একটি পয়েন্ট আছে isosurface মানচিত্র সম্পত্তি xxx ব্যর্থ করতে পারেন।

নতুন কি কি সংস্করণে 14.0.4:

• বাগ সংশোধন: রকেট ভাঙা
• বাগ ফিক্স: পিডিবি দ্বারা চেইন, স্যামপ সমর্থিত নয়।

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.0.2:

• বাগ সংশোধন: মড্যুলেশনটি q এবং t এর মধ্যে পার্থক্য করা হয় না;
• বাগ ফিক্স: মডিউল্ড পরিমাপ কাজ করে না
• বাগ ফিক্স: সেট ডিফল্ট ল্যাটিক্স না থামা & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• বাগ ফিক্স: আইসোসার্ফেস মানচিত্র পারমাণবিক কক্ষপথ ব্যর্থ
• বাগ ফিক্স: দূরবর্তী অবস্থানে মডুলেশনের কম্পন প্রদর্শন আপডেট করা হয় না
• বাগ ফিক্স: কম্পন বন্ধ করে দেয় কনসোলের মধ্যে অপ্রয়োজনীয় সতর্কতা
• বাগ ফিক্স: সিমোপ ভাঙা
• বাগ ফিক্স: অ্যারে.মুল (ম্যাট্রিক্স 3ফ) জ্যামোল ক্র্যাশ করে
• বাগ ফিক্স: symop = 1555 ভাঙা
নির্বাচন করুন
• বাগ ফিক্স: পিকিং পিকিং সেট করুন কাজ না করা নির্বাচন
• কোড: রিফেক্টেড সিফআরডার, এমএমসিফআরডার এবং এমএসসিফ রিডার কোডকে পৃথক করে: SV এর পদ্ধতিগুলি পুনর্বিন্যাস / রিফ্যাক্টরিং
• কোড: javajs.api.jsonencodable ইন্টারফেস যোগ করে
• org.jmol.script.SV তে সুপার-সিম্পল বাস্তবায়ন
• জাভাসগুলিকে কাস্টম JSON ফলাফল সরবরাহ করার অনুমতি প্রদান করে

নতুন কি আছে সংস্করণে 14.1.2 বিটা:

• নতুন বৈশিষ্ট্য: জাভাস্ক্রিপ্ট: JSmol api Jmol.evaluatevar (অ্যাপলেট, এক্সপ্রেশন):
• Jmol.evaluate এর চেয়ে ভাল কারণ ফলাফল একটি জাভাস্ক্রিপ্ট ভেরিয়েবল, স্ট্রিং নয়।
• JSmol api Jmol.evaluate অপ্রয়োজনীয় (অ্যাপলেট, এক্সপ্রেশন)
• নতুন বৈশিষ্ট্য: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
• সম্পত্তি জন্য JSON কোড ফেরত
• JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; ভেরিয়েবল ইনফো & quot;, & quot; কিছু অভিব্যক্তি & quot;);
• নতুন বৈশিষ্ট্য: getProperty variableInfo:
• জাভা বা JSON বিন্যাসে ভেরিয়েবলগুলির পুনরুদ্ধারের অনুমতি দেয়
• অভিব্যক্তি মূল্যায়ন
• & quot; সকল & quot;
ডিফল্ট
• নতুন বৈশিষ্ট্য: q এবং t দ্বারা মডিউলস নিয়ন্ত্রণযোগ্য, d = 3 পর্যন্ত:
• মডুলেশন চালু / বন্ধ (সব পরমাণু)
• শোধন {এটম সেট} চালু / বন্ধ
• মড্যুলেশন int q- অফসেট
• মড্যুলেশন x.x টি-অফসেট
• মড্যুলেশন {t1 t2 t3}
• মড্যুলেশন {q1 q2 q3} সত্য
• নতুন বৈশিষ্ট্য: নির্বাচিত তালিকা:
• সম্প্রতি নেওয়া পরামিতিগুলির আদেশ অ্যারে
• PICKED ভেরিয়েবল হিসাবে একই ব্যবহার করা যেতে পারে, কিন্তু এটি ক্রমানুসারে ক্রমানুসারে নির্ধারিত হয় না,
• দুইবার ক্লিক করা কাঠামো তালিকা সাফ করে
• @ {নির্বাচক তালিকা} [0] সর্বশেষ-পছন্দসই পারমাণবিক
• @ {নির্বাচন করা তালিকা} [- 1] পরের-শেষ-নির্বাচিত পারমাণবিক
• @ {বাছাই তালিকা} [- 1] [0] শেষ দুইটি পরমাণুগুলি নির্বাচিত
• নতুন বৈশিষ্ট্য: array.pop (), array.push () - জাভাস্ক্রিপ্টের অনুরূপ
• নতুন বৈশিষ্ট্য: মড্যুলেশন স্কেল x.x
• নতুন বৈশিষ্ট্য: ক্যাপশন & quot; XXXXX & quot; x.x - চালানোর জন্য সেকেন্ডের সংখ্যা
• নতুন বৈশিষ্ট্য: মড্যুলেশন 0.2 // সেট টি-মান
• নতুন বৈশিষ্ট্য: অ্যারেপপ (), অ্যারেপিশ (এক্স)
• a = []; a.push (& quot; পরীক্ষা & quot;); print a.pop ()
• নতুন বৈশিষ্ট্য: অণু-সেট চালু / বন্ধ নির্বাচন করুন:
• নির্বাচনের পাশাপাশি নির্বাচনের পাশাপাশি নির্বাচন করা
• কেবলমাত্র সুবিধার
• নতুন বৈশিষ্ট্য: pt1.mul3 (pt2):
• ফেরত {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• যদি উভয়ই পয়েন্ট না হয়, তাহলে সহজ গুণের দিকে ফিরে যান
• নতুন সংযোজন: array.mul3 (pt2) - অ্যারের সমস্ত উপাদানগুলিতে mul3 প্রয়োগ করে
• নতুন বৈশিষ্ট্য: {atoms}}। মোডুলেশন (টাইপ, টি):
• P3 বিতরণ (স্থানচ্যুতি মড্যুলেশন)
• শুধুমাত্র টাইপ = & quot; ডি & quot; (ঐচ্ছিক) করুন
• ঐচ্ছিক টি 0 ডিফল্টরূপে
• বাগ ফিক্স: মড্যুলেশন কিউ এবং টি মধ্যে পার্থক্য না;
• বাগ ফিক্স: মডিউল্ড পরিমাপ কাজ করে না
• বাগ ফিক্স: সেট ডিফল্ট ল্যাটিক্স না থামা & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• বাগ ফিক্স: পার্শ্ববর্তী মানচিত্র পারমাণবিক কক্ষপথ ব্যর্থ
• বাগ ফিক্স: দূরবর্তী অবস্থানে মডুলেশনের কম্পনশীল প্রদর্শন আপডেট করা হয় না
• বাগ ফিক্স: কম্পন বন্ধ করে দেয় কনসোলের মধ্যে অপ্রয়োজনীয় সতর্কতা
• বাগ ফিক্স: সিমোপ ভাঙা
• বাগ ফিক্স: অ্যারে.মুল (ম্যাট্রিক্স 3ফ) জ্যামোল ক্র্যাশ করে
• বাগ ফিক্স: symop = 1555 বাছাই বাগ ফিক্স নির্বাচন করুন: পিকিং ড্রিংক নির্বাচন করুন কাজ না করা নির্বাচন
• কোড: রিফেক্টেড সিফআরডার, এমএমসিফআরডার এবং এমএসসিফআরডারকে আলাদা করা
• কোড: SV
পদ্ধতিতে ছোটখাট নামকরণ / রিফ্যাক্টরিং
• কোড: javajs.api.JSONENcodable ইন্টারফেস যোগ করে:
• org.jmol.script.SV তে সুপার-সিম্পল বাস্তবায়ন
• জাভাসগুলিকে কাস্টম JSON ফলাফল সরবরাহ করার অনুমতি প্রদান করে

নতুন কি আছে সংস্করণ 14.0.1:

• নতুন বৈশিষ্ট্য: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (ডিফল্ট 55)
• নতুন বৈশিষ্ট্য: প্রিন্ট লোড (& quot; xxx & quot;) হিসাবে লোড () ফাংশন, অ্যাপলেটের মধ্যে সীমিত স্থানীয় ফাইল পড়া:
• কোন root- ডিরেক্টরি ফাইল নেই
• এক্সটেনশন ছাড়া কোনও ফাইল নেই
• কোনও & quot; /। & quot; ফাইল নেই পথের মধ্যে
• নতুন বৈশিষ্ট্য: JAR ফাইলগুলি নিরাপদে সাইন ইন করা
• নতুন বৈশিষ্ট্য: স্থানীয় ফাইল লোড করার জন্য অ্যাপলেটটি JAR ফাইলগুলি JNLPs (জাভা নেটওয়ার্ক লঞ্চ প্রোটোকল) অন্তর্ভুক্ত করে
• নতুন বৈশিষ্ট্য: JSmol ইউআরএল বিকল্প _ ইউএসএ = _JAR = _J2S = তথ্য তথ্য ওভাররাইড
• নতুন বৈশিষ্ট্য: (উপস্থিত ছিল কিন্তু অনথিভুক্ত) মুদ্রণ quaternion মুদ্রণ ([quaternions অংকের সংখ্যা]) - গোলাকার আয়ুষ্কর মানে একটি লা বুস এবং ফিলামর
• নতুন বৈশিষ্ট্য: মুদ্রণ quaternion ([quaternions অ্যারে], সত্য):
• গোলাকার অর্থ একটি লা বুস এবং ফিলামের
জন্য আদর্শ বিচ্যুতি ফেরত দেয়
• ইউনিট কোণীয় ডিগ্রী
• নতুন বৈশিষ্ট্য - নামযুক্ত চতুর্ভুজ মডিউলাস মান:
• মুদ্রণ চতুর্ভুজ (1,0,0,0)% & quot; ম্যাট্রিক্স & quot;
• বিকল্পগুলি x x z স্বাভাবিক eulerzxz eulerzyz ভেক্টর theta axisx axisy অক্ষ axisangle ম্যাট্রিক্স অন্তর্ভুক্ত
• ew বৈশিষ্ট্য - সেট celShadingPower:
• সিলের ছায়াপথের শক্তি নির্ধারণ করে
• পূর্ণসংখ্যা মান
• ডিফল্ট 10 একটি পুরু রেখা
• 5 একটি সূক্ষ্ম লাইন
• 0 সেল শিল্ড বন্ধ
• নেতিবাচক মান অভ্যন্তরীণ ছায়াছবি মুছে দেয় - শুধুমাত্র
রূপরেখাটি
• হালকা উৎস (শক্তি & gt; 0) বা ব্যবহারকারী (শক্তি & lt; 0) স্বাভাবিক উপর ভিত্তি করে পিক্সেল পরিচালনা করে
• ব্যাকগ্রাউন্ড কনট্রাস্ট (কালো বা সাদা) রঙ যখন স্বাভাবিক_জ & lt; 1 - ২ ^ - (| সিলেশিং পাওয়ার / / 10)
• নতুন বৈশিষ্ট্য: Jmol স্ক্রিপ্টিং কনসোলে mmCIF রিডিং রিপোর্ট _citation.title
• নতুন বৈশিষ্ট্য: SELECT {atomset} কে কমিয়ে আনুন - কেবলমাত্র বিকল্প অন্য সকল পরমাণুগুলি বাদ দেয়
• নতুন বৈশিষ্ট্য: minimize {atoms} - নিখুঁত নির্বাচন এবং কেবল
• নতুন বৈশিষ্ট্য - & quot; এক্সটেনশন & quot; JSMol- এর জন্য প্রদত্ত JS এবং SPT স্ক্রিপ্টগুলির মধ্যে ডিরেক্টরি:
• আপনি jsmol / JS / EXT করুন
• আপনি jsmol / SPT / EXT করুন
• নতুন বৈশিষ্ট্য: লোড ... ফিল্টার & quot; ADDHYDROGENS & quot; - একটি লোড কমান্ডের জন্য স্থানীয় সেট পিডিবিএডএইড্রেডজেন
• নতুন বৈশিষ্ট্য: তুলনা করুন {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• নতুন বৈশিষ্ট্য: তালিকা = তুলনা ({atomset1} {atomset2} & quot; স্মাইলস & quot; & quot; বোনাস & quot;)
• নতুন বৈশিষ্ট্য: JSON xxx.json লিখুন
• নতুন বৈশিষ্ট্য: [# 210] JSON {& quot; mol & quot ;: ...} পাঠক
• ew বৈশিষ্ট্য - সেট কণা রেডিয়াস:
• সর্বাধিক ব্যাসার্ধ মান (16.0) উপর পরমাণস জন্য বিশ্বব্যাপী ব্যাসার্ধ
• ডিফল্ট 20.0
• নতুন বৈশিষ্ট্য - সিআইএফ এবং পিডিবি ফিল্টার & quot; BYCHAIN ​​& quot; এবং & quot; বাইসামব & quot; ভাইরাস আংশিকতার জন্য:
• প্রতি চেইন বা প্রতি symop প্রতি এক এন্ট্রি তৈরি করে
• আকারটি ব্যবহার করে সর্বাধিক 16 টি আঙ্গুলের চেয়ে বড় মাপতে পারে, উদাহরণস্বরূপ:
• কণা রেডিয়াস 30 সেট করুন
• স্পেসফিল ​​30; // 16 এর চেয়েও বেশি নম্বর এখানে পরিবর্তে কণার রেডিয়াস ব্যবহার করে
• নতুন বৈশিষ্ট্য: তালিকা = তুলনা করুন ({atomset1} {atomset2} smartsstring & quot; বোনাস & quot;)
• নতুন বৈশিষ্ট্য: symop () ফাংশন PDB এবং mmCIF জন্য biomolecule ফিল্টার থেকে সমতা দেয়
• নতুন বৈশিষ্ট্য - আইসোসার্ফস SYMMETRY:
• সমতুল্য অপারেটরগুলি isosurface
এ প্রয়োগ করে
• আরো দক্ষ রেন্ডারিং এবং তৈরি
• ডিফল্ট নির্বাচন {symop = 1} শুধুমাত্র
• ডিফল্ট রং হল সম্পত্তি উপর ভিত্তি করে symop দ্বারা রং রঙিন
• আপনি উদাহরণ: করুন
• 1p ফিল্টারটি লোড করুন & quot; বায়োমোলিকুলাকুল 1 & quot;
• রঙের সম্পত্তি symop
• আইসোসার্ফেস এ রেজোলিউশন 0.8 সিক্যুরিটি সাসার্ফেস 0
• নতুন বৈশিষ্ট্য - নতুন এটম সম্পত্তি: চেন না:
• প্রতিটি মডেলের জন্য ক্রমানুসারে 1;
• চেইন না == 0 মানে & quot; কোন চেইন & quot; অথবা চেন = ''
• নতুন বৈশিষ্ট্য - নতুন প্রোপার্টিলেলসচিম & quot; বন্ধুত্বপূর্ণ & quot;:
• রঙ-অন্ধত্ব-বন্ধুত্বপূর্ণ রং স্কিম
• RCSD এ ব্যবহৃত
• নতুন বৈশিষ্ট্য: JSpecView সম্পূর্ণরূপে জাভা-মুক্ত;
২ ডি এন এমআর এবং পিডিএফ প্রিন্টিং এর অন্তর্ভুক্ত
• নতুন বৈশিষ্ট্য - পিডিএফ লিখুন & quot; xxx.pdf & quot; গুণমান & gt; 1 অনুরোধ ল্যান্ডস্কেপ মোড:
• দক্ষ কাস্টম পিডিএফ তৈরি ক্লাস ব্যবহার করে
• খুব বড় মাপের ইমেজ মাপের
• নতুন বৈশিষ্ট্য: পিএসডি এবং জাভাস্ক্রিপ্টের জন্য 2 ডি এনএমআর যোগ করেছে JSpecView
• নতুন বৈশিষ্ট্য: লোড & quot; == xxx & quot; ফিল্টার & amp; & quot; আদিবাসী & quot; - পিডিবি থেকে রাসায়নিক উপাদান লোড & quot; nonideal & quot; ব্যবহার করে। সমন্বয় সেট
• বাগ ফিক্স: সিডি মুছে ফেলুন; ChemDoodle বিন্যাস পরিবর্তন করেছে; পরিবর্তে JSON ব্যবহার করুন
• বাগ সংশোধন: পিডিবি এবং সিআইএফ ফাইলগুলি যেমন PAU বড় নেতিবাচক নম্বর হিসাবে সমাহারগুলিকে নির্দেশ করে
• বাগ ফিক্স: কোনও ঘূর্ণন সঙ্গে তুলনা আনন্দের লুপ শুরু
• বাগ ফিক্স: বিলম্বের সাথে লুপিং সমস্যা (-1)
• বাগ ফিক্স: জাভাস্ক্রিপ্টে Chrome এর জন্য মাউস হুইলিং
• বাগ ফিক্স: ভাষা পরিবর্তনের জন্য জাভাস্ক্রিপ্ট পপআপ মেনু ঠিক
• বাগ ফিক্স: জাভাস্ক্রিপ্ট কোর উপাদানগুলি প্রক্রিয়া করা হচ্ছে না; Jmol._debugCode স্বীকৃত নয়
• বাগ ফিক্স: ইউনিটসেল জৈবিকালোকের জন্য ভুলভাবে অফসেট; অক্ষ জন্য ভুল মূল।
• বাগ ফিক্স: আইসোসার্ফেস / মো ফ্রন্টোনিলে ভাঙা
• বাগ ফিক্স: জাভাস্ক্রিপ্টে ভাঙা ভাষা স্থানীয়করণ
• বাগ ফিক্স: এডিএফ পাঠক ডিআইএআরএকে বিল্ড 201304052106 থেকে এমও আউটপুট না পড়ার
• বাগ ফিক্স: আপেলটি গ্রহণ করার অনুরোধ জানানোর পরিবর্তে Safari হলুদ জ্যামোল তথ্যগুলি
• - ট্যাগ করা প্রয়োজন
• বাগ ফিক্স: সিআইএফ রিডারটি সঠিকভাবে পরিচালনা করছে না _পিডিবিক্স_স্ট্রাট_সম্পাদনা_জেন.সম্পাদনা_ই সঠিকভাবে
• - লোড = 3fsx। সিফ ফিল্টারের জন্য ভুল এটম সেট & অ্যাসোস্ব্লি 1 & quot;
• বাগ ফিক্স: [# 558 ChemDoodle সহ সামঞ্জস্যের সমস্যা] Number.toString () এর সংজ্ঞা মধ্যে JSmol ত্রুটি
• বাগ ফিক্স: মাউস হুইল সঠিকভাবে কাজ করছে না
• বাগ ফিক্স: জাভাস্ক্রিপ্ট J2S কম্পাইলার ত্রুটি int + + float to integer
চাপ দিচ্ছে না
• বাগ ফিক্স: জাভাস্ক্রিপ্ট WEBGL বিকল্পটি ভাঙা
• বাগ ফিক্স: জাভাস্ক্রিপ্ট NMR ক্যালকুলেশন রিসোর্স অ্যাক্সেস না
• বাগ ফিক্স: জাভাস্ক্রিপ্ট স্টেরিও কার্যকর না
• বাগ ফিক্স: একাধিক-মডেল ফাইলের জন্য MOL পাঠক ফিক্স (মাত্র 13.3.9_dev)
• বাগ ফিক্স: লোডের সাথে MOL পাঠক ত্রুটি APPEND - পরমাণু সংখ্যাগুলি অবিরত রাখে না
• বাগ ফিক্স: সিআইএফ মড্যুলেশন রিডার সেল ওয়েভ ভেক্টর রৈখিক সংযোজকগুলি না পড়া
• বাগ ফিক্স: সিআইএফ ফিল্টারের সাথে পড়ছে & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; কেবলমাত্র পরিচয় পরিচয়ের কাজ করলেই ব্যর্থ হয়
• বাগ ফিক্স: এমএমসিআইএফ পাঠক সব _পিডিবিক্স_স্ট্রাক_সম্পাদনা_জেন.অপার_অনুমোদন বিকল্প
• বাগ ফিক্স: PDB CRYST এন্ট্রি 1.0 1.0 1.0 90 90 90 মানে & quot; কোন ইউনিট সেল & quot; নির্বিশেষে biomolecule ফিল্টার
• বাগ ফিক্স: ফ্ল্যাট অণু যেমন এইচ.এম.
জন্য ভাল অনুভূতির অনুভূমিক স্ল্যাব
• বাগ ফিক্স: মুদ্রণ ইউজারফ্যাঙ্ক () ব্যর্থ হতে পারে (ইউজারফেঙ্ক () নিজে নিজে)
• বাগ ফিক্স: সি-আলফা-কেবল পলিমারের জন্য (হেলিক্স) বাস্তবায়িত হয়নি
• বাগ সংশোধন: একটি নতুন ফাইল লোড বা zapped যখন _modelTitle আপডেট করা হয় না
• বাগ ফিক্স: {*}। symop.all যথাযথভাবে সমতা অপারেটর সরবরাহ করে না
• বাগ ফিক্স: URL গুলিতে SMILES তে ট্রিপল বন্ডের জন্য
• বাগ ফিক্স: বিল্ড.এক্সএমএল অপারেটিং পিডিএফ তৈরির ক্লাস
• বাগ সংশোধন: জাভা আপডেট নিম্নলিখিত, স্থানীয় সাইন আপ অ্যাপ্লেট জন্য সঠিক পাথ চেক যোগ করা
• বাগ ফিক্স: {xxx} .property_xx রাষ্ট্র সংরক্ষিত নয় (ভাঙা 8/7/2013 রিভ 18518)
• বাগ ফিক্স: স্বাক্ষরিত এবং অনির্দিষ্ট অ্যাপলেট JAR ফাইলগুলির জন্য ম্যানিফেস্ট আপডেট করা হয়েছে
• বাগ ফিক্স করুন: লিখতে ব্যর্থ
• বাগ ফিক্স: অ্যাপ্লেট স্ক্রিপ্ট ওয়েট () পদ্ধতি ভাঙা
• বাগ ফিক্স: পিওএলওল সেশন সংরক্ষিত অবস্থায় থেকে পড়ার পর ইউনিট সেল প্রদর্শন করতে পারে
• বাগ ফিক্স: এমএমসিআইএইফ পাঠক একাধিক সমাবেশের ধরন ব্যর্থ হয়
• বাগ ফিক্স: সিআইএফ পাঠক & quot; বায়োমিলেকুল্যু 1 & quot; & quot; আণবিক & quot; বরং & quot; সমাবেশ & quot;
• বাগ ফিক্স: একাধিক ফাইল কাজ করে না এমন ট্র্যাজেক্সরি লোড করুন
• বাগ ফিক্স: ভাষা পরিবর্তনের উপর সঠিকভাবে বন্ধ না হওয়া এএসএলট পপআপ মেনু
• বাগ ফিক্স: এইচটিএমএল চেকবক্স আইডি বৈশিষ্ট্যাবলী বরাদ্দ করা হয়নি
• কোড: অ্যাপলেট / অ্যাপলেটজ কোডের রিফ্যাক্টরিং; org.jmol.util.GenericApplet করুন
• কোড: রিফ্যাক্টরিং, buffered পাঠকদের সরলীকরণ এবং buffered ইনপুট স্ট্রীম।
• কোড: জাভাস্ক্রিপ্ট রিফ্যাক্টরিং, উন্নত বিল্ড। xml
• কোড: জাভাস্ক্রিপ্ট পূর্ণসংখ্যা, লং, সংক্ষিপ্ত, বাইট, ফ্লোট, ডাবলটি পুনরায় তৈরী করা
• কোড: জিটি। এর অনির্বাচন।
• কোড: উপরের স্তরের সকল অকারণে ভিতরের ক্লাসগুলিকে পুনর্বিবেচনা করা
• কোড: বিচ্ছিন্ন ব্যবহার / মড্যুলেশন সেটটি ব্যবহার করে api / jmolModulationSet
• কোড - সরল .po ফাইলগুলি থেকে সমস্ত অ্যাপলেট ভাষা স্থানীয়করণটি পড়া হচ্ছে:
• জাভাস্ক্রিপ্টের জন্য ইতিমধ্যে
• অ্যাপলেট ভাষাগুলির জন্য ক্লাস ফাইলগুলি কম্পাইল করার প্রয়োজন নেই
• কোন ভাষা .jar ফাইলগুলি
• নতুন jsmol / idioma ডিরেক্টরি জাভা এবং HTML5 উভয়ের জন্য .po ফাইল ধারণ করে
• কোড: অবিচ্ছিন্ন & quot; ফ্রন্টনলি & quot; শুধুমাত্র {xxx} নির্বাচন করুন
• কোড: অবিচ্ছিন্ন & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; সঙ্গে দ্রুত অবজেক্ট রেন্ডারিং & quot; প্রাসঙ্গিক (পূর্ণসংখ্যা) ক্ষেত্রে
• কোড: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - URL.getContent () এবং Class.getResource ()
এর সমস্ত রেফারেন্সগুলি একত্রিত করে।
• কোড: ভেরিয়েবল নাম পুনর্বিন্যাসের সাথে ভিতরের শ্রেণী সমস্যার জন্য জাভাস্ক্রিপ্ট কাজ করে
• কোড: eval (functionName) জাভাস্ক্রিপ্টে কাজ না করার জন্য কাজ-কাছাকাছি।
• কোড: পরিবেষ্টিত প্রস্থান সঙ্গে পরীক্ষা করা
• কোড: জাভা Ju51 (জানুয়ারী, ২014) এর জন্য প্রয়োজনীয় বৈশিষ্ট্যগুলি যোগ করা হয়েছে।
• কোড: JmolOutputChannel javajs.util.OutputChannel- এ সরানো
• কোড: jsmol.php & quot; save ফাইলে পদ্ধতি
• কোড: জাভাসমূহের মধ্যে পার্সার রিফ্যাক্টরিং করা
• কোড: DSSP org.jmol.dssx এ সরানো হয়েছে, 20 কে দ্বারা JSmol বায়ো লোড হ্রাস
• কোড: iText প্যাকেজ jettisoned, আর NEC না, যেহেতু আমি নিজের পিডিএফ নির্মাতা লিখেছি

আবশ্যকতা :

• ওরাকল জাভা স্ট্যান্ডার্ড সংস্করণ রানটাইম পরিবেশ


22 Jun 18 মধ্যে শিক্ষাগত ও বিজ্ঞান সফটওয়্যার, বায়োইনফরম্যাটিকস