মেক মত সিস্টেম নির্মাণ ঘন ঘন যেমন জটিল workflows, তৈরি করতে ব্যবহার করা হয় . বায়োইনফরমেটিক্স & nbsp; snakemake একসঙ্গে একটি দ্রুত এবং আরামদায়ক মৃত্যুদন্ড পরিবেশের সঙ্গে, পাইথন স্টাইল মধ্যে একটি পরিষ্কার এবং আধুনিক ডোমেইন নির্দিষ্ট স্পেসিফিকেশন ভাষা (ডিএসএল) প্রদান করে তৈরি workflows, জটিলতা কমাতে কাজ করবে.
সংস্থাপনা
- উবুন্টু 12.04, আপনি আমাদের Launchpad সংগ্রহস্থলের মধ্যে উপলব্ধ ডেবিয়ান প্যাকেজ python3-snakemake ইনস্টল করতে পারেন.
- অন্যান্য সিস্টেমের উপর, আপনি পাইথন> = 3.2 এর কাজ ইনস্টলেশন প্রয়োজন. আপনার সিস্টেমের উপর নির্ভর করে, আপনি তখন easy_install snakemake বা কমান্ড লাইন easy_install3 snakemake হয় জারি করে snakemake ইনস্টল করতে পারেন. আপনি প্রশাসক হে নবী না থাকে, easy_install এর যুক্তি --user কটাক্ষপাত আছে.
- অবশেষে, snakemake নিজে pypi থেকে সোর্স কোড আর্কাইভ ডাউনলোড করে ইনস্টল করা যাবে.
ব্যবহারের
Snakemake বিভিন্ন পরবর্তী ধাপে ধাপে ফাইল তৈরি যে workflows, বর্ণনা করতে একটি সহজ, DSL উপলব্ধ করা হয়:
নমুনা = ["01", "02"]
# ঐচ্ছিকরূপে কাজ সম্পন্ন করতে হবে যেখানে একটি ডিরেক্টরি নির্ধারণ করুন.
workdir: "পাথ / / workdir"
#, না বিল্ড লক্ষ্যমাত্রা হিসেবে কাজ করে ডামি নিয়ম অনুরূপ.
সব নিয়ম:
& Nbsp; ইনপুট: "diffexpr.tsv", ...
সংক্ষেপ নিয়ম:
& Nbsp; ইনপুট: নমুনা এর জন্য "{নমুনা} .mapped.bam" .format (নমুনা = গুলি)
& Nbsp; আউটপুট: "diffexpr.tsv"
& Nbsp; করুন:
& Nbsp; # ... ইনপুট ফাইল থেকে আউটপুট উত্পাদন কিছু পাইথন কোড প্রদান
& Nbsp; # উদাঃ. সূচক অনুসারে ইনপুট ফাইল
& Nbsp; ইনপুট [1]
& Nbsp; # এক্সেস ওয়াইল্ডকার্ড মান
& Nbsp; wildcards.sample
& Nbsp; # সহজে সরাসরি এক্সেস থাকার সময় স্বয়ংক্রিয়ভাবে আপনার ডিফল্ট শেল ব্যবহার করে শেল কমান্ড চালানো
& Nbsp; বিন্যাস minilanguage মাধ্যমে সব স্থানীয় এবং বিশ্বব্যাপী ভেরিয়েবল #
& Nbsp; থ্রেড = 6
& Nbsp; শেল ("somecommand --threads {থ্রেড} {ইনপুট [0]} {আউটপুট [0]}")
map_reads নিয়ম:
& Nbsp; # ইনপুট এবং আউটপুট ফাইল নাম ধার্য
& Nbsp; ইনপুট: = "{নমুনা} .fastq", hg19 = "hg19.fasta" সার্চ
& Nbsp; # চিহ্ন আউটপুট ফাইল লেখার সুরক্ষিত নির্মাণের পরে হতে
& Nbsp; আউটপুট: ম্যাপ = সুরক্ষিত ("{নমুনা} .mapped.sai")
& Nbsp; # বৈকল্পিকভাবে পরিবর্তে নিয়ম সঞ্চালনের উপর জেনেরিক নিয়ম বর্ণনা প্রদর্শন করা হয় যে বার্তা নির্ধারণ:
& Nbsp; বার্তা: "ম্যাপিং সার্চ {input.hg19}"
& Nbsp; থ্রেড: 8
& Nbsp; শেল:
& Nbsp; পাইথন বাক্য গঠন প্রয়োজন হয় না যদি # সরাসরি (একটি বহু অথবা একক লাইন স্ট্রিং) শেল কমান্ড প্রদান.
& Nbsp; # আবার, আন্তর্জাতিক এবং স্থানীয় ভেরিয়েবল বিন্যাস minilanguage মাধ্যমে ব্যবহার করা যাবে.
& Nbsp; # উপরন্তু, নিয়ম দ্বারা ব্যবহৃত থ্রেড এর সংখ্যা উল্লেখ করা যেতে পারে. snakemake নির্ধারণকারী যথেষ্ট কোর -জে কমান্ড লাইন বিকল্প মাধ্যমে উপলব্ধ করা হয় যদি নিয়ম থ্রেডের নির্দিষ্ট সংখ্যা দিয়ে চালানো হয় নিশ্চিত করে.
& Nbsp; "" "
& Nbsp; পটি ALN -t {থ্রেড} {} {input.hg19 input.reads}> {output.mapped}
& Nbsp; কিছু --other --command
& Nbsp; "" "
যেমন একটি বাক্য গঠন সঙ্গে একটি "Snakefile" দেওয়া, কর্মপ্রবাহ issueing (যেমন 6 সমান্তরাল প্রক্রিয়া ব্যবহার) মৃত্যুদন্ড কার্যকর করা যেতে পারে:
& Nbsp; snakemake -j6 -s Snakefile
অধিক বিবরণের জন্য টিউটোরিয়াল দয়া করে দেখুন
বৈশিষ্ট্য:.
- কিভাবে আউটপুট তৈরি করতে নিয়ম লিখে একটি পাঠগত ভাবে workflows, নির্ধারণ একটি সহজ পাইথন ভিত্তি করে সিনট্যাক্স ইনপুট ফাইল থেকে ফাইল. (প্রধানত একটি বিল্ড সিস্টেম যা) করা গনুহ বিপরীতে, snakemake একটি নিয়ম একাধিক আউটপুট ফাইল তৈরি করতে পারবেন.
- Snakemake স্বয়ংক্রিয়ভাবে নিয়ম পছন্দসই আউটপুট তৈরি করতে মৃত্যুদন্ড কার্যকর করা প্রয়োজন, যা হিসাব.
- উভয় শেল ভিত্তিক নিয়ম হিসাবে ভাল হিসাবে একটি নিয়ম ভিতরে পূর্ণ পাইথন বাক্য গঠন সমর্থিত হয়. শেল কমান্ড সমস্ত স্থানীয় এবং বিশ্বব্যাপী পাইথন ভেরিয়েবল সরাসরি এক্সেস আছে.
- গনুহ করা ভালো লেগেছে যেখানে সম্ভব, snakemake সমান্তরাল নিয়ম মৃত্যুদন্ড কার্যকর নির্ধারণ করতে পারেন. উপরন্তু, আন্ত নিয়ম parallelization ভিতরে নিয়ম parallelization সঙ্গে মিলিত (যেমন থ্রেড) এবং snakemake ব্যবহৃত কোরের সংখ্যা নির্দিষ্ট মান অতিক্রম না নিশ্চিত করে যে করা যেতে পারে.
- ফাইল অস্থায়ী হিসাবে চিহ্নিত করা যাবে (অর্থাৎ তারা কোন প্রয়োজন না একবার মুছে ফেলা যাবে) বা সুরক্ষিত (অর্থাৎ তারা নির্মাণের পরে সুরক্ষিত লিখুন করা হবে).
- ইনপুট এবং আউটপুট ফাইল একাধিক নামে ওয়াইল্ডকার্ড থাকতে পারে.
- ইনপুট এবং আউটপুট ফাইল নামকরণ করা যেতে পারে.
- কার্যকারিতা মত মানচিত্র কমাতে একটি পাইথন তালিকা ধী বাক্য গঠন পড়া সহজ ব্যবহার দ্বারা সম্পন্ন হয়.
- একটি পরীক্ষামূলক বৈশিষ্ট্য হিসাবে, snakemake (যেমন qsub সূর্যের গ্রিড ইঞ্জিন জন্য) জমা দিতে আদেশ নির্দিষ্ট করে একটি ক্লাস্টার উপর রান করতে পারেন.
নিয়ম ভিতরে তাদের অ্যাড্রেসিং সহজ হয়ে যায়, যাতে
আবশ্যক
- পাইথন
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না