.
SSuMMo taxa ক্রম দায়িত্ব অর্পণ করা hmmer ব্যবহার করে প্রায় iteratively পরিকল্পিত ফাংশন & nbsp একটি লাইব্রেরি হয়; ফলাফল যে সম্প্রদায়ের মধ্যে প্রজাতির / মহাজাতি বিতরণ দেখাচ্ছে অত্যন্ত সটীক গাছ.
সোর্স কোড সহ অন্তর্ভুক্ত প্রোগ্রাম সরঞ্জাম হল: -
- গোপন মার্কভ মডেল একটি হায়ারারকিকাল ডাটাবেস তৈরি করুন - dictify.py;
- স্বীকৃত ট্যাকসোনমিক নাম ক্রম বরাদ্দ - SSUMMO.py;
- সিম্পসন, শ্যানন ও অন্যান্য পদ্ধতি rankAbundance.py ব্যবহার করে, জৈব বৈচিত্র্য বিশ্লেষণ;
- সহজে ডেটাসেট ক্রস তুলনা করার জন্য একটি স্বতন্ত্র ক্ষমতা cladograms হিসাবে ফলাফল ঠাহর করা - comparative_results.py
- Phyloxml বিন্যাস ফলাফল রূপান্তর: dict_to_phyloxml.py;
- বিল্ড এইচটিএমএল উপস্থাপনা - dict_to_html.py.
- চক্রান্ত তনুভবন রেখাচিত্র এবং জীববৈচিত্র্য সূচক সংশ্লিষ্ট নিরূপণ
পাইথন সোর্স কোড গুগল কোড, এখানে প্রদান করা হয়. HMMs এর prebuilt হায়ারারকিকাল ডাটাবেস, যেমন (প্রতিটি taxon মহান deducing জন্য ব্যবহৃত হয়) একটি অনুকূল এসকিউএল শ্রেণীবিন্যাস ডাটাবেস থেকে ডাউনলোড করা যাবে: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
তথ্য ইনস্টল জন্য, উপস্থিত README পড়ুন দয়া করে. ব্যবহার তথ্যের জন্য, একটি উইকি (উপরে) আছে, এবং একটি প্রাথমিক ইউজার ম্যানুয়াল svn ট্রাঙ্ক যোগ করা হয়েছে
আবশ্যক :.
<উল >
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না