STEME প্রকল্প যেমন মেমে হিসেবে মোটিফ ফাইন্ডার ব্যবহার করা মডেল ধরণ জন্য প্রত্যাশা-Maximisation আলগোরিদিম একটি পড়তা হিসাবে জীবন শুরু করেন.
STEME & rsquo; এর ই.এম. পড়তা মাত্রার একটি আদেশ আরও দ্রুত চেয়ে সাধারণত পরামিতি সেটিংস জন্য Meme বাস্তবায়ন চালায়. STEME এখন তার নিজস্ব ডানদিকে একটি সম্পূর্ণরূপে পদপ্রাপ্ত মোটিফ আবিষ্কর্তা বিকশিত হয়েছে.
STEME ব্যবহার কেন?
পরীক্ষিত মোটিফ ফাইন্ডিং কৌশল
STEME পরীক্ষা চেষ্টা ও Meme আলগোরিদিম উপর ভিত্তি করে. মেমে সবচেয়ে পরিপক্ক এবং জনপ্রিয় মোটিফ ফাইন্ডার এক. . এটা Tompa এবং আল শীর্ষস্থানীয়দের একটি & rsquo ছিল; মোটিফ ফাইন্ডার এর বেঞ্চমার্ক তুলনা.
বৃহৎ তথ্য সেটের জন্য ডিজাইন
STEME সাধারণত আধুনিক জৈব পরীক্ষা দ্বারা উত্পন্ন বৃহৎ তথ্য সেট ধরনের ব্যবহার করা নির্মিত হয়েছে. STEME megabases দশ ইনপুট উপর পরীক্ষা করা হয়েছে, কিন্তু এটি বৃহত্তর তথ্য সেট ব্যবহার করা যাবে না হওয়ার কোন কারণ নেই.
দ্রুত
STEME দ্রুত. সাধারণত মোটিফ ফাইন্ডার ইনপুট মাপ সঙ্গে দ্রুত বৃদ্ধি একটি রান-টাইম আছে. STEME সেটির কারণে এর প্রত্যয় গাছ ব্যবহার এই সমস্যা ভোগেন না. STEME ব্যবহারকারী তারা ফলাফলের জন্য অপেক্ষা করতে প্রস্তুত করা হয় কিভাবে দীর্ঘ নিয়ন্ত্রণ করে যাতে রানটাইম নিয়ন্ত্রণ বিকল্প উপলব্ধ করা হয়.
নমনীয় মোটিফ মডেল
অনেক মোটিফ ফাইন্ডার (বিশেষ করে দ্রুত enumerative মোটিফ ফাইন্ডার) বাঁধাই সাইট এর মডেল হিসাবে ঐক্যমত্য ক্রম ব্যবহার করুন. এই ব্যবহার STEME এবং PWMs হিসেবে মোটিফ একই পরিসীমা ক্যাপচার করতে পারবেন না যে PWMs হিসাবে নমনীয় না.
ব্যবহার করা সহজ
STEME মেমে & rsquo আউটপুট উত্পাদন করে এর সুপ্রতিষ্ঠিত বিন্যাস স্রোতবরাবর সরঞ্জাম ব্যবহার করার জন্য এটা সহজ. STEME & rsquo; এর আউটপুট মেমে, BioPython এবং BioPerl থেকে সরঞ্জামগুলির সাথে পরীক্ষা করা হয়েছে.
সঠিক তাত্পর্য হিসাব
STEME & rsquo; এর তাত্পর্য হিসাব মনে বড় তথ্য সেট দিয়ে ডিজাইন করা হয়. বৃহৎ তথ্য সেটের জন্য লেখা আছে যে মোটিফ ফাইন্ডার প্রায়ই খারাপভাবে তারা মোটিফ তাত্পর্য ভুল গণনা করতে পারেন. এই ব্যবহারকারী সনাক্ত করার জন্য একটি বিশেষ প্রতারণাপূর্ণ সমস্যা এবং কঠিন.
একটি ওয়েব সার্ভিস হিসাবে উপলব্ধ
STEME আপনার মেশিনে স্থানীয়ভাবে ইনস্টল করা যাবে অথবা আমাদের সার্ভারে ওয়েব ব্যবহার করা যাবে.
প্যাকেজ ডকুমেন্টেশন
আবশ্যক
- পাইথন
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না