tigreBrowser Tigre আর প্যাকেজ থেকে ফলাফলের জন্য একটি জিন এক্সপ্রেশন মডেল ব্রাউজার (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
ইনস্টলেশন:
tigreBrowser পাইথন সংস্করণ> = 2.5 প্রয়োজন. tigreBrowser নিম্নলিখিত কমান্ডের সাহায্যে ইনস্টল করা যাবে:
পাইথন ইনস্টল setup.py
(উদাহরণস্বরূপ, শুধুমাত্র বর্তমান ব্যবহারকারীর জন্য রুটের অনুমতি ছাড়া ইনস্টল) পাইথন মডিউল ইনস্টল সম্পর্কে আরও তথ্যের জন্য, http://docs.python.org/install/ দেখতে
শুরু সার্ভার
tigreBrowser অন্তর্ভুক্ত ওয়েব সার্ভার প্রকৃত ফলে ব্রাউজার ব্যবহার করার জন্য চালানো আবশ্যক.
আপনি Tigre আর প্যাকেজ (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html) দ্বারা সৃষ্ট একটি ডাটাবেস ফাইল করতে হবে. এই প্যাকেজটি tigreBrowser পরীক্ষা করা যাবে, যা একটি পরীক্ষা ডাটাবেস ফাইল 'database.sqlite' রয়েছে. পরীক্ষা ডাটাবেস Tigre প্যাকেজের মধ্যে অন্তর্ভুক্ত নির্দেশাবলী এবং উদাহরণ তথ্য ব্যবহার করে তৈরি করা হয়.
সার্ভার র গ্রাফিক্যাল ইউজার ইন্টারফেস শুরু করার tigreServer.py চালানো হয়. ফলে ব্রাউজার শুরু করার জন্য, এক প্রথম ফলাফল দেখানো হবে, যা একটি ডাটাবেস ফাইল নির্বাচন করতে হবে. এই 'ওপেন ডাটাবেস ফাইল' নির্বাচন এবং একটি ডাটাবেস ফাইল চয়ন করে এটি করা সম্ভব. ডাটাবেস ফাইল লেখার অনুমতি নেই আবশ্যক. সার্ভার তারপর 'সার্ভার আরম্ভ' ক্লিক করে আরম্ভ করা যাবে. ক্লিক করা হলে, একটি লেবেল ফলে ব্রাউজার URL টি দেখানোর জন্য বোতাম নীচে উপস্থিত হয়.
ফলে ব্রাউজার একটি নিয়মিত ওয়েব ব্রাউজার ব্যবহার করে যে URL- এ এখন প্রবেশযোগ্য. ব্রাউজার ব্যবহার হয় তার নির্দেশাবলী এই সহায়িকার পরবর্তী অধ্যায় আছে. সার্ভার 'সার্ভার বন্ধ' বাটন সঙ্গে বন্ধ না হওয়া পর্যন্ত ব্রাউজার পাওয়া যায়.
tigreServer.py একটি কমান্ড লাইন ইন্টারফেস ব্যবহার করা যেতে পারে. অধিক বিবরণের জন্য '--help' বিকল্প স্ক্রিপ্ট শুরু.
ব্রাউজারের ব্যবহার করে
ডেটা সেটটি নির্বাচন
ডেটা সেটটি নির্বাচন ফলাফল ফলাফল তালিকা এবং যা আদেশ দৃশ্যমান হতে হবে, যা নির্ধারণ করে. পরীক্ষা সেট নির্বাচন সংক্রান্ত পরীক্ষায় সেট নির্বাচন করতে ব্যবহার করা হয়. এই পরীক্ষায় থেকে শুধু ফলাফল তালিকা প্রদর্শিত হবে.
পরবর্তী ডেটা সেটটি নির্বাচন ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর (TF) বা টার্গেট সেট নির্বাচন, ফলে ব্রাউজার সেট করা হয় কিনা তার উপর নির্ভর র্যাংকিং মোড অথবা নিয়ন্ত্রক র্যাংকিং মোড (ইনস্টলেশন দেখুন) লক্ষ্য করতে. লক্ষ্য র্যাংকিং মোডে, মেমরি নির্বাচন পাওয়া যায় এবং ফলাফল তালিকা দেওয়া TF এর সাথে বিভিন্ন লক্ষ্যমাত্রা ফলাফল রয়েছে. নিয়ন্ত্রক র্যাংকিং মোডে, লক্ষ্য সেট নির্বাচন করা হয় এবং তালিকা বিভিন্ন নিয়ন্ত্রকদের জন্য ফলাফল প্রদর্শন করবে.
ফলাফল সংখ্যা উচ্চ হতে পারে, ফলাফল একাধিক পেজ বিভক্ত করা যেতে পারে. নির্বাচন "প্রতি পৃষ্ঠায় জিন সংখ্যা" দেখিয়েছে ফলাফল সংখ্যা পরিবর্তন করতে ব্যবহার করা যেতে পারে. এটা পৃষ্ঠা লোড যদি ধীরে ধীরে কারণে ইমেজ বিপুল সংখ্যক ফলাফলের সংখ্যা হ্রাস উপযোগী হতে পারে.
অবশেষে, ফলাফল দেখিয়েছেন অনুক্রম নির্বাচন "দ্বারা বাছাই" সঙ্গে পরিবর্তন করা যাবে. ফলাফল দেওয়া নির্ণায়ক দ্বারা descendingly সাজানো হবে.
ফিল্টারিং
ফলাফল বিভিন্ন মানদণ্ডের দ্বারা ফিল্টার করা যায়. এক, উদাহরণস্বরূপ, একটি নির্দিষ্ট থ্রেশহোল্ড বেশী Z- স্কোর আছে জিন জন্য শুধুমাত্র ফলাফল দেখাতে পারেন.
এটা ফিল্টারিং যখন একাধিক মাপদণ্ড একত্রিত করা সম্ভব. "[+]" লিঙ্ক অন্য নির্ণায়ক যোগ করার জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে. একটি নির্ণায়ক অনুরূপভাবে ব্যবহার মুছে ফেলা হতে পারে "[-]" (শুধুমাত্র এক নির্ণায়ক আছে যখন দেখিয়েছেন না) লিঙ্ক. একাধিক মাপদণ্ড ব্যবহার করা হয়, সব মানদণ্ড পূরণ করতে হবে একটি জিন ফলে তালিকা দেখিয়েছে করা.
ফিল্টারিং "ফিল্টার ব্যবহার করা হবে" চেকবক্স ব্যবহার সক্রিয় করা হয়.
পৃথকভাবে
ডাটাবেসের মধ্যে জিন সম্পূরক তথ্য ধারণ যদি, ফলাফল যে তথ্য ব্যবহার করে হাইলাইট করা যেতে পারে. উপলব্ধ হাইলাইট অপশন যারা অপশন যুক্ত রঙের সঙ্গে দেখিয়েছেন হয়.
নির্বাচন সাথে মেলে এমন সম্পূরক তথ্য আছে যা জিন ফলাফলের জন্য তালিকা প্রোবের নাম নীচের রঙ্গিন বাক্সে দেখিয়ে হাইলাইট কাজ.
অনুসন্ধান
এটা দেওয়া জিন ফলাফল অনুসন্ধান করা সম্ভব হবে. কমা টাইপ করে সার্চ রচনা অনুসন্ধান বক্স জিন বা প্রোবের নামের তালিকা পৃথক. জিন এবং alias একটি অনুসন্ধান ভুক্তি হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে.
প্রদর্শিত হচ্ছে ফলাফল
বাটন ক্লিক করা হলে "পাঠাও" ডেটা সেটটি, ফিল্টার, হাইলাইট এবং অনুসন্ধান দেওয়া নির্বাচনের জন্য ফলাফল দেখিয়েছেন করা হবে. ডাটাবেস তারপর দেওয়া মেলা নির্বাচনে যা ফলাফলের জন্য অনুসন্ধান করা হবে. "রিসেট" বাটনে সকল নির্বাচন এবং textfields পরিষ্কার ব্যবহার করা যেতে পারে.
ফলাফল তালিকা একাধিক কলাম রয়েছে. প্রথম কলামে একটি প্রোবের নামের উপর প্রোবের সাথে যুক্ত একটি GENENAME সঙ্গে প্রদর্শিত হয়. জিন নামের পাশে, এক ডাটাবেসের মধ্যে নির্ধারিত হলে জিন এক্সপ্রেশন মানবমূর্তি. নিম্নলিখিত কলাম জিন জন্য প্রকৃত ফলাফল রয়েছে. কোন সম্পূরক তথ্য স্থানে প্রদর্শিত হবে. গবেষণা পরিসংখ্যান ফলে মান পাশাপাশি প্রদর্শন করা হবে.
. ডাটাবেসের মধ্যে ঢোকানো হলে অবশেষে, পরীক্ষা পরামিতি, পরবর্তী পরিসংখ্যান একটি টেবিল হিসাবে প্রদর্শিত হবে
আবশ্যক
- পাইথন
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না