বারোজ-হুইলার Aligner (KTM) যেমন হিউম্যান জিনোম হিসেবে একটি দীর্ঘ রেফারেন্স ক্রম বিরুদ্ধে অপেক্ষাকৃত ছোট নিউক্লিওটাইড ক্রম সাজায় যে একটি দক্ষ প্রোগ্রাম.
সফটওয়্যার দুটি আলগোরিদিম, পটি-ছোট এবং বিডব্লুএ-দঃপঃ কার্যকরী. ক্যোয়ারী জন্য সাবেক কাজ 200bp তুলনায় খাটো এবং প্রায় 100kbp পর্যন্ত আর ক্রমের জন্য আধুনিক সিকোয়েন্স.
উভয় আলগোরিদিম gapped প্রান্তিককরণ না. তারা সাধারণত আরো সঠিক এবং দ্রুত কম ত্রুটি হার সঙ্গে প্রশ্ন আছে. আরও তথ্যের জন্য বিডব্লুএ ম্যানুয়েল পৃষ্ঠা দেখুন দয়া করে.
বিডব্লুএ 454 সার্চ? সারিবদ্ধ করে
& Nbsp; হ্যাঁ এবং না. বিডব্লুএ এর বিডব্লুএ-দঃপঃ কম্পোনেন্ট সম্পর্কে 200bp বা আর সার্চ ভাল 454 কাজ করে. এটা অনেক দ্রুত যখন SSAHA2 অনুরূপ প্রান্তিককরণ সঠিকতা অর্জন করা. খাটো সার্চ জন্য বিডব্লুএ-দঃপঃ কাজ করে, কিন্তু সংবেদনশীলতা কম. উপরন্তু, বিডব্লুএ-দঃপঃ জোড়া শেষ প্রান্ত সমর্থন করে না.
প্রান্তিককরণ কি সর্বোচ্চ প্রশ্ন ক্রম দৈর্ঘ্য?
& Nbsp; এটা 200bp তুলনায় খাটো সার্চ শুধুমাত্র পটি-ছোট ব্যবহার করা বাঞ্ছনীয়. নীতির মধ্যে কয়েক KBP প্রশ্নের আপ জন্য পটি-ছোট কাজ করে, তার কর্মক্ষমতা নিকৃষ্ট হয়. দীর্ঘ সার্চ জন্য, বিডব্লুএ-দঃপঃ ভাল.
& Nbsp; বিডব্লুএ-দঃপঃ উপাদান হিউম্যান জিনোম বিরুদ্ধে একটি বাক ক্রম (প্রায় 150kbp) সারিবদ্ধ করতে পারেন. সময় প্রতি ইউনিট সংযুক্ত ঘাঁটি পদ গতি 1kbp পঠিত প্রান্তিককরণ গতি তুলনীয়. বস্তুত, বিডব্লুএ-দঃপঃ একই গতিতে কয়েক Mbp প্রশ্ন ক্রম প্রান্তিককরণ করতে সক্ষম হওয়া উচিত, কিন্তু আমি চেষ্টা না করে.
সিকোয়েন্সিং ত্রুটি সহনশীলতা কি?
& Nbsp; Bwa সংক্ষিপ্ত প্রধানত 2% এর নিচে sequencing ত্রুটি হার জন্য ডিজাইন করা হয়. ব্যবহারকারীদের সাময়িক কমান্ড-লাইন বিকল্প দ্বারা আরও বেশি ত্রুটি সহ্য করতে এটা জিজ্ঞাসা করতে পারেন, তার কর্মক্ষমতা দ্রুত অধ: পতিত হয়. Illumina সার্চ জন্য, পটি সংক্ষিপ্ত ঐচ্ছিকরূপে এইভাবে প্রান্তিককরণ আগে 3'শেষ থেকে নিম্ন মানের ঘাঁটি ছাঁটা এবং হতে পারে আরো Illumina তথ্য সাধারণত যা লেঙ্গুড় উচ্চ ত্রুটি হার, সঙ্গে সার্চ সারিবদ্ধ করতে সক্ষম হয়.
& Nbsp; বিডব্লুএ-দঃপঃ আর প্রান্তিককরণ দেওয়া আরও বেশি ত্রুটি সহনশীলতা. সিমুলেশন বিডব্লুএ-দঃপঃ 1000bp বা আর প্রান্তিককরণ জন্য একটি 100bp প্রান্তিককরণ, 3% ত্রুটির একটি 200bp জন্য, 500bp জন্য 5% এবং 10% জন্য ভাল দেওয়া 2% ত্রুটি কাজ করতে পারে যে প্রস্তাব দেওয়া হয়.
বিডব্লুএ chimeric খুঁজে না সার্চ?
& Nbsp; হ্যাঁ, বিডব্লুএ-দঃপঃ উপাদান মিথ্যা কল্পনা খুঁজে পেতে সক্ষম হয়. বিডব্লুএ সাধারণত পড়া প্রতিটি জন্য এক প্রান্তিককরণ রিপোর্ট কিন্তু আউটপুট হতে পারে দুটি অথবা আরো alignments পঠিত / contig একটি মিথ্যা কল্পনা হয়.
ম্যাক মত বিডব্লুএ কল SNPs কি?
& Nbsp; না, বিডব্লুএ শুধুমাত্র প্রান্তিককরণ আছে. যাইহোক, এটা যেমন samtools এবং GATK বেশ কয়েকটি জেনেরিক SNP কলারের দ্বারা সমর্থিত হয়, যা স্যাম বিন্যাসে alignments আউটপুট.
আমি একজোড়া এক পঠিত উচ্চ ম্যাপিং মানের হয়েছে দেখতে, কিন্তু অন্যান্য পঠিত শূন্য আছে. এই অধিকার?
& Nbsp; এটি সঠিক. ম্যাপিং মানের না পাঠযোগ্য জোড়া জন্য পৃথক পঠিত জন্য নিয়োগ করা হয়. এটা এক পঠিত unambiguously ম্যাপ করা যেতে পারে যে সম্ভব, কিন্তু তার সঙ্গী একটি tandom পুনরাবৃত্তি পড়ে এবং এইভাবে তার সঠিক অবস্থান নির্ধারণ করা যাবে না.
আমি একটি পাঠযোগ্য একটি ক্রোমোসোম শেষে দাঁড়িয়েছে আউট এবং unmapped (পতাকা 0x4) হিসাবে চিহ্নিত করা হয় দেখুন. কি এখানে কী ঘটছে?
& Nbsp; অভ্যন্তরীণভাবে বিডব্লুএ এক দীর্ঘ ক্রম মধ্যে সব রেফারেন্স ক্রম সংযুক্ত করে. একটি পড়া দুটি সন্নিহিত রেফারেন্স ক্রম মোড় ম্যাপ করা হতে পারে. এই ক্ষেত্রে, বিডব্লুএ unmapped পতাকা পড়তে হবে, কিন্তু আপনি অবস্থান, সিগার এবং সব ট্যাগ দেখতে হবে. একটি ভাল সমাধান একটি বিকল্প অবস্থান নির্বাচন করুন অথবা শেষ আউট প্রান্তিককরণ ছাঁটা হবে, কিন্তু এই প্রোগ্রামিং বেশ জটিল এবং মুহূর্তে প্রয়োগ করা হয় না.
মোট? 4 গিগাবাইটের চেয়ে আর রেফারেন্স ক্রম উপর বিডব্লুএ কাজ করে
& Nbsp; না, যদি সম্ভব না হয় এবং কারণে জড়িত প্রযুক্তিগত জটিলতা অদূর ভবিষ্যতে সমর্থিত হবে না.
ত্রুটি-বিচ্যুতি
একটি খালি স্ট্রিং এর প্রত্যয় অ্যারের ব্যবধান উচিত [0, এন 1] এন ডাটাবেস স্ট্রিং এর দৈর্ঘ্য, না [1, এন 1] লি এবং দূরবীন (2009 এবং 2010) বিবৃত করা হয় যেমন হয়. সঙ্গতিপূর্ণভাবেই, আমরা O নির্ধারণ (একটি, -1) 0 = এবং লি এবং দূরবীন (2009) থেকে চিত্র 3 pseudocode, সংশোধন করতে হবে. বিডব্লুএ বাস্তবায়ন আসলে সঠিক. ভুল শুধুমাত্র কাগজ দেখা দেয়. আমরা বিভ্রান্তির জন্য ক্ষমাপ্রার্থী এবং এই ইশারা জন্য Nils হোমার এবং আবেল আন্তোনিও ক্যারিওন Collado ধন্যবাদ
এই রিলিজে নতুন কি:.
- Bugfix:. XA ট্যাগ বিকল্প হিট সদৃশ
- Bugfix: সক্রিয় ছাঁটাই যখন, পটি-ALN trims করা কম 1bp করুন .
- অক্ষম রঙ-স্থান প্রান্তিককরণ. 0.6.x কঠিন বর্তমানে সার্চ সঙ্গে কাজ করা হয় না.
- Bugfix:. কারণে অত্যধিক দ্ব্যর্থক ঘাঁটি segfault
- Bugfix:. ব মোডে ভুল সঙ্গী অবস্থান করুন
- Bugfix: PE মোডে বিরল segfault
- ম্যাক্রো _NO_SSE2 ব্যবহার হয়, ফিরে মান স্মিথ-মাঝি পড়ে
- .
- বৈকল্পিকভাবে চিহ্ন বিভক্ত দ্বিতীয় নিম্ন প্রান্তিককরণ স্কোর সঙ্গে হিট.
- Bugfix:. দ্ব্যর্থক ঘাঁটি দ্বারা সৃষ্ট অসীম লুপ
- বিকল্প আউটপুট প্রশ্ন ক্রম.
পরিবর্তে SSE2-SW এর
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না