goby বাইনারি ডাটা ফাইল পড়ার জন্য একটি পাইথন এপিআই goby পরের- gen তথ্য ব্যবস্থাপনা কাঠামো ব্যবহার করে তৈরি করা হয়.
সাধারণত, এই ডিরেক্টরি থেকে সম্পূর্ণ goby প্যাকেজের অংশ পাওয়া যায়, যেমন আসে:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
সম্পূর্ণ প্যাকেজ জাভা সোর্স কোড অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে. আপনি PyPI বা অন্য কিছু Python- নির্দিষ্ট উৎস থেকে এই প্যাকেজ ডাউনলোড, আপনি কোড মাত্র পাইথন অংশ গৃহীত হতে পারে.
উন্নয়ন সতর্কবাণী
Goby পাইথন লাইব্রেরি জাভা বাস্তবায়ন হিসাবে পরিণত হয় না. এটা আরো বগী হতে পারে এবং জাভা সংস্করণ পাওয়া যায় যে বৈশিষ্ট্য সম্পূর্ণ সেট প্রদান করা হয় না.
ইনস্টলেশন:
& Nbsp; 1. আপনি পাইথন 2.5 অথবা ঊর্ধ্বতন সংস্করণ আছে কি না নিশ্চিত. সন্দেহ থাকলে, রান:
পাইথন -V
& Nbsp; 2. ডাউনলোড করুন এবং পূর্বশর্ত পাইথন প্যাকেজ ইনস্টল:
& Nbsp; 1. প্রোটোকল বাফার
& Nbsp; http://code.google.com/p/protobuf/ বা PyPI থেকে পাওয়া যায়
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - java.util.Properties জন্য পাইথন প্রতিস্থাপন
& Nbsp; http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties থেকে পাওয়া যায়
& Nbsp; 3. Goby প্যাকেজ ইনস্টল করুন:
পাইথন ইনস্টল setup.py
& Nbsp; এই ধাপে superuser অধিকার প্রয়োজন হতে পারে.
ব্যবহার:
উদাহরণ স্ক্রিপ্ট পাইথন goby ফাইল বিষয়বস্তু অ্যাক্সেস করতে কিভাবে প্রদর্শন করা হয়.
& Nbsp; * এখানে একটি goby প্রান্তিককরণ ফাইল স্ক্যান করার পদ্ধতি:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py নেম
(ফাইল basename.entries এবং basename.header থেকে প্রস্থান করতে হবে.)
& Nbsp; * পরবর্তী কমান্ড টেক্সট হিসেবে একটি প্রান্তিককরণ ফাইলের বিষয়বস্তু প্রিন্ট করা হবে:
GobyAlignmentToText.py নেম
& Nbsp; * একটি কম্প্যাক্ট রূপান্তর হবে পরবর্তী কমান্ড fasta বিন্যাস ফাইল সার্চ:
GobyCompactToFasta.py file.compact সার্চ
& Nbsp; * একটি কম্প্যাক্ট এর বিষয়বস্তু সম্পর্কে পরিসংখ্যান প্রিন্ট করা হবে পরবর্তী কমান্ড ফাইল সার্চ:
GobyReadsStats.py file.compact সার্চ
আবশ্যক
- পাইথন
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না