reciprocal_smallest_distance

reciprocal_smallest_distance বিশ্বব্যাপী ক্রম প্রান্তিককরণ এবং ক্রম মধ্যে সর্বোচ্চ সম্ভাবনা বিবর্তনীয় দূরত্ব সঠিকভাবে জেনোমের মধ্যে orthologs সনাক্ত করতে ব্যবহার করে এমন একটি pairwise orthology এলগরিদম.
একটি tarball থেকে ইনস্টল করার প্রক্রিয়া
ডাউনলোড করুন এবং GitHub থেকে সর্বশেষ সংস্করণ সফটওয়্যারটি আনটার:
সিডি ~
কার্ল -L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz | আলকাতরা xvz
পাইথন 2.7 ব্যবহার নিশ্চিত করে, যার ফলে reciprocal_smallest_distance ইনস্টল করুন:
সিডি reciprocal_smallest_distance-সংস্করণ
পাইথন ইনস্টল setup.py
Othologs খুঁজুন আরএসডি ব্যবহার করে
নিম্নলিখিত উদাহরণে কমান্ড rsd_search চালানোর জন্য প্রধান উপায় প্রকট. Rsd_search প্রতি আবাহন দুই জেনোমের জন্য একটি FASTA ফরম্যাট ক্রম ফাইলের অবস্থান উল্লেখ প্রয়োজন, প্রশ্নের সাথে এবং বিষয় জেনোমের বলা হয়. তাদের অর্ডার অবাধ, কিন্তু আপনি --ids বিকল্প ব্যবহার করা হলে, আইডি ক্যোয়ারী জিনোম থেকে আসতে হবে. এছাড়াও আপনি আরএসডি আলগোরিদিম দ্বারা পাওয়া orthologs ফলাফল লিখতে একটি ফাইল উল্লেখ করা আবশ্যক. আউটপুট ফাইলের বিন্যাস প্রতি লাইনে একটি ortholog রয়েছে. প্রতিটি লাইন ক্রম মধ্যে (codeml নির্ণিত) প্রশ্ন ক্রম আইডি, বিষয় ক্রম আইডি, এবং দূরত্ব রয়েছে. আপনি ঐচ্ছিকভাবে --ids অপশন ব্যবহার করে আইডি ধারণকারী একটি ফাইল নির্দিষ্ট করতে পারেন. তারপর RSD শুধুমাত্র আইডি orthologs জন্য অনুসন্ধান করা হবে. --divergence এবং --evalue ব্যবহার করে, আপনি ডিফল্ট থেকে বিভিন্ন প্রান্তিক মান ব্যবহার করার অপশন আছে.
Rsd_search, rsd_blast, বা rsd_format চালানোর জন্য কিভাবে সাহায্য পান:
rsd_search -h
rsd_blast -h
rsd_format -h
ডিফল্ট বিকিরণ এবং evalue প্রান্তিক মান ব্যবহার করে, প্রশ্নের সাথে এবং বিষয় জেনোমের সব ক্রমের মধ্যে orthologs খুঁজুন
rsd_search -q উদাহরণ / জেনোমের / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-জিনোম = উদাহরণ / জেনোমের / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa_0.8_1e-5.orthologs.txt
বিভিন্ন অ ডিফল্ট বিকিরণ এবং evalue প্রান্তিক মান ব্যবহার করে orthologs খুঁজুন
rsd_search -q উদাহরণ / জেনোমের / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-জিনোম = উদাহরণ / জেনোমের / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa.several.orthologs.txt
--de 0.2 1e-20 --de .5 0.00001 --de 0.8 0.1
এটা বিস্ফোরণে জন্য একটি FASTA ফাইল ফরম্যাট বা rsd_search এটা আপনার জন্য না, কারণ প্রবল বাত্যা হিট গণনা করা প্রয়োজন হয় না.
আপনি, বিশেষ করে বড় জেনোমের, একই জেনোমের জন্য rsd_search একাধিক বার চলমান পরিকল্পনা যাইহোক, যদি আপনি ঝঁঝা হিট precomputing করতে FASTA ফাইল এবং rsd_blast preformatting করতে rsd_format ব্যবহার করে সময় সংরক্ষণ করতে পারবেন. Rsd_blast যখন চলমান, আপনি rsd_search দিতে মনস্থ বৃহত্তম evalue থ্রেশহোল্ড হিসাবে বৃহৎ হিসাবে একটি --evalue ব্যবহার করতে ভুলবেন না.
এখানে জায়গায় FASTA ফাইল একটি জুড়ি ফরম্যাট করার পদ্ধতি:
rsd_format -G উদাহরণ / জেনোমের / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
rsd_format -G উদাহরণ / জেনোমের / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
এবং এখানে, FASTA ফাইল ফরম্যাট (এই ক্ষেত্রে বর্তমান ডিরেক্টরি) অন্য ডিরেক্টরির মধ্যে ফলাফল নির্বাণ হয় কিভাবে
rsd_format -G উদাহরণ / জেনোমের / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa -d.
rsd_format -G উদাহরণ / জেনোমের / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa -d.
এখানে এগিয়ে গণনা এবং বিস্ফোরণে হিট (ডিফল্ট evalue ব্যবহার করে) বিপরীত করার পদ্ধতি:
rsd_blast -v -q উদাহরণ / জেনোমের / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-জিনোম = উদাহরণ / জেনোমের / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
--forward-হিট q_s.hits --reverse-হিট s_q.hits
এখানে এগিয়ে গণনা করা হয় কিভাবে এবং বিপরীত বিস্ফোরণ ইতিমধ্যে বিস্ফোরণ জন্য ফরম্যাট করা হয়েছে যে জিনোম এবং একটি অ ডিফল্ট evalue ব্যবহার করে, rsd_search জন্য হিট
rsd_blast -v -q Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-জিনোম = Mycobacterium_leprae.aa
--forward-হিট q_s.hits --reverse-হিট s_q.hits
0.1 --evalue --no-বিন্যাস
ইতিমধ্যে বিস্ফোরণ জন্য ফরম্যাট করা হয়েছে যে সব প্রশ্নের সাথে সিকোয়েন্স এবং জেনোমের ব্যবহার করে বিষয় জেনোমের মধ্যে orthologs খুঁজুন
rsd_search -q Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-জিনোম = Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa_0.8_1e-5.orthologs.txt
--no-বিন্যাস
সব প্রশ্নের সাথে সিকোয়েন্স এবং ইতিমধ্যে নির্ণিত হয়েছে যে হিট ব্যবহার করে বিষয় জেনোমের মধ্যে orthologs খুঁজুন. বিস্ফোরণে হিট ইতিমধ্যে নির্ণিত হয়েছে থেকে জেনোমের বিস্ফোরণ জন্য ফরম্যাট করা প্রয়োজন হবে না, কারণ --no-বিন্যাস, অন্তর্ভুক্ত করা হয় যে লক্ষ্য করুন.
rsd_search -v --query-জিনোম Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-জিনোম = Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa.default.orthologs.txt
--forward-হিট q_s.hits --reverse-হিট s_q.hits --no-বিন্যাস
ক্যোয়ারী জিনোমের নির্দিষ্ট ক্রম জন্য orthologs খুঁজুন. গুনতি গতি বাড়াতে পারেন --no-বিস্ফোরণ ক্যাশে ব্যবহার করে মাত্র কয়েক ক্রমের জন্য orthologs, খুঁজে বের করার জন্য. YMMV.
rsd_search -q উদাহরণ / জেনোমের / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-জিনোম = উদাহরণ / জেনোমের / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
-o উদাহরণ / Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa_0.8_1e-5.orthologs.txt
উদাহরণ / Mycoplasma_genitalium.aa.ids.txt --no-বিস্ফোরণ ক্যাশে --ids
আউটপুট লটারি
Orthologs rsd_search এর --outfmt বিকল্প ব্যবহার করে বেশ কিছু বিভিন্ন বিন্যাসে সংরক্ষণ করা যাবে. ডিফল্ট বিন্যাস, -1 --outfmt, Uniprot দেয় ফাইল দ্বারা অনুপ্রাণিত 3. --outfmt বোঝায়, orthologs একটি সেট তারপর শেষ লাইন আছে, তারপর, একটি পরামিতি লাইন দিয়ে শুরু হয় 0 বা আরো ortholog লাইন আছে. parametes প্রশ্ন জিনোম নাম, বিষয় জিনোম নাম, বিকিরণ প্রান্তিক মানের, এবং evalue থ্রেশহোল্ড হয়. প্রতিটি ortholog প্রশ্ন ক্রম আইডি, বিষয় ক্রম আইডি, এবং সর্বোচ্চ সম্ভাবনা দূরত্ব আনুমানিক তালিকা একটি একক লাইন হয়. এই বিন্যাসে কোন orthologs সঙ্গে পরামিতি একটি ফাইল পরামিতি একাধিক সেট জন্য orthologs হিসেবে সেট উপস্থাপন করতে পারেন. একাধিক বিকিরণ এবং evalue প্রান্তিক মান উল্লেখ করার সময় অতএব এটা rsd_search সাথে ব্যবহারের জন্য উপযুক্ত.
এখানে কোন orthologs আছে যার মধ্যে 2 পরামিতি সমন্বয়, ধারণকারী একটি উদাহরণ:
পিএ tLACJO tYEAS7 t0.2 t1e-15
বা tQ74IU0 tA6ZM40 t1.7016
বা tQ74K17 tA6ZKK5 t0.8215
//
পিএ tMYCGE tMYCHP t0.2 t1e-15
//
আরএসডি মূল বিন্যাস, 1 --outfmt, অনগ্রসর সামঞ্জস্য জন্য প্রদান করা হয়. প্রতিটি লাইন বিষয় ক্রম আইডি, প্রশ্নের সাথে ক্রম আইডি, এবং সর্বোচ্চ সম্ভাবনা দূরত্ব আনুমানিক হিসাবে প্রতিনিধিত্ব একটি ortholog রয়েছে. এটি শুধুমাত্র একটি ফাইলের মধ্যে orthologs একটি একক সেট উপস্থাপন করতে পারেন.
উদাহরণ:
A6ZM40 tQ74IU0 t1.7016
A6ZKK5 tQ74K17 t0.8215
এছাড়াও অনগ্রসর সামঞ্জস্য জন্য প্রদান করা প্রশ্ন ক্রম আইডি কলাম ছাড়া মূল আরএসডি বিন্যাস মত যা পরিক্রমা দ্বারা অভ্যন্তরীণভাবে ব্যবহৃত একটি ফরম্যাট (http://roundup.hms.harvard.edu/), বিষয় ক্রম আইডি আগে হয়.
উদাহরণ:
Q74IU0 tA6ZM40 t1.7016
Q74K17 tA6ZKK5 t0.8215

আবশ্যক

• পাইথন
• NCBI ব্লাস্ট 2.2.24
• PAML 4.4
• Kalign 2.04