AREM একটি (চিপ-SEQ তথ্য জন্য মডেল ভিত্তিক বিশ্লেষণ) Macs- এর উপর ভিত্তি করে.
ক্রোমাটিন immuno- বৃষ্টিপাতের (চিপ-SEQ) মিলিত উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং ব্যাপকভাবে জিনোম ব্যাপী ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর, cofactors, ক্রোমাটিন মোডিফায়ার, এবং অন্যান্য ডিএনএ বাঁধাই প্রোটিন বাঁধাই নিদর্শন বৈশিষ্ট্য ব্যবহার করা হয়. চিপ-SEQ তথ্য বিশ্লেষণে একটি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পদক্ষেপ একটি রেফারেন্স জিনোম সংক্ষিপ্ত উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং থেকে সার্চ ম্যাপ এবং সংক্ষিপ্ত সার্চ সমৃদ্ধ শিখর অঞ্চলে সনাক্ত করা হয়.
বিভিন্ন পদ্ধতি চিপ-SEQ বিশ্লেষণের জন্য প্রস্তাব করা হয়েছে যদিও, সবচেয়ে অপ isting পদ্ধতি শুধুমাত্র বিবেচনা যে স্বতন্ত্র রেফারেন্স জিনোম স্থাপন করা যেতে পারে সার্চ, এবং সেইজন্য পীক পুনরাবৃত্তি ক্রম মধ্যে বৃষ্টিতে ভিজতে lo- detecting জন্য কম শক্তি আছে. এখানে আমরা সব সদ্ব্যবহার বাঁধাই নিদর্শন একটি সত্যিকারের জিনোম ব্যাপী দেখুন প্রদান, যা সার্চ চিপ-SEQ তথ্য বিশ্লেষণের জন্য একটি সম্ভাব্য ap- proach পরিচয় করিয়ে দিতে.
সমৃদ্ধ অঞ্চলে এবং একটি নাল genomic পটভূমি K সংশ্লিষ্ট একটি মিশ্রণ মডেল ব্যবহার স্থাপিত হয় সার্চ. আমরা সমৃদ্ধ অঞ্চলে অবস্থানে অনুমান, এবং প্রতিটি প্রান্তিককরণ সম্ভাব্যতা বিভিন্ন genomic অবস্থানে পড়া আপডেট, AREM নামক একটি প্রত্যাশা-বৃদ্ধি (ই.এম.) আল gorithm বাস্তবায়ন সর্বোচ্চ সম্ভাবনা ব্যবহার.
অতিরিক্ত তথ্যের জন্য, RECOMB 2011 সালে আমাদের কাগজ দেখতে বা আমাদের ওয়েবসাইট দেখার জন্য: http://cbcl.ics.uci.edu/AREM
নীচের বর্ণনা অনুযায়ী AREM, জনপ্রিয় Macs- এর শিখর কলার উপর ভিত্তি করে:
সিকোয়েন্সিং কৌশল উন্নতির ফলে ক্রোমাটিন immunoprecipitation উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং দ্বারা অনুসরণ (চিপ-SEQ) জিনোম ব্যাপী প্রোটিন ডিএনএ পারস্পরিক ক্রিয়ার অধ্যয়ন জনপ্রিয় হয়ে উঠছে. শক্তিশালী চিপ-SEQ বিশ্লেষণ পদ্ধতি অভাব মোকাবেলার, আমরা সাইট বাঁধাই প্রতিলিপি ফ্যাক্টর চিহ্নিতকরণের জন্য চিপ-SEQ (Macs- এর) মডেল ভিত্তিক বিশ্লেষণ নামে একটি উপন্যাস আলগোরিদিম, উপস্থাপন.
Macs- এর সমৃদ্ধ চিপ অঞ্চলে তাত্পর্য নির্ণয় করা জিনোম জটিলতা প্রভাব ধারন করে, এবং Macs- সিকোয়েন্সিং ট্যাগ অবস্থান এবং অভিযোজন উভয় তথ্য মিশ্রন মাধ্যমে সাইট বাঁধাই স্থানিক রেজল্যুশন উন্নত. . Macs- এর সহজেই একা চিপ-SEQ তথ্য জন্য ব্যবহার করা হয়, বা নির্দিষ্টতা বৃদ্ধির সঙ্গে নিয়ন্ত্রণ নমুনা সঙ্গে করা যেতে পারে
আবশ্যক
- পাইথন
পাওয়া মন্তব্যসমূহ না